意外的邂逅與寶可夢獵人的陰影
小智一行人在前往遙香市的旅途中，目擊了一場驚險的警匪追逐戰。一名自稱達茲的寶可夢獵人正駕駛吉普車瘋狂逃竄，後方則是緊追不捨的君莎小姐。在追逐過程中，達茲車上的一個籠子不慎掉落。小智隨後在路邊發現了一隻極度虛弱的粉蝶蟲，眾人立刻將牠送到寶可夢中心治療。在喬伊小姐與胖可丁的悉心照料下，粉蝶蟲恢復了精神。透過喬伊小姐的解說，大家得知粉蝶紫（粉蝶蟲的最終進化形）會根據出生地區的不同而擁有截然不同的翅膀花紋，這也讓牠們成為收藏家覬覦的目標。
粉蝶蛹的進化與奪回計畫
君莎小姐隨後趕到寶可夢中心，起初一度誤認小智等人是達茲的同夥。誤會冰釋後，君莎小姐解釋達茲是惡名昭彰的寶可夢獵人，專門在各地捕捉粉蝶蟲並待其進化後高價賣出。就在此時，受救治的粉蝶蟲在眾人面前進化成了粉蝶蛹。希特隆隨後在粉蝶蛹的身上發現了一個發信晶片，這正是達茲用來追蹤逃跑「商品」的手段。莎莉娜靈機一動，提議利用這個晶片進行偽裝作戰，由一名成員變裝成粉蝶蛹引誘達茲出現，進而找到其藏身之處。最終，由體型適中的哈力栗穿上特製裝具偽裝成粉蝶蛹，成功騙過了折返回來回收「商品」的達茲。
潛入藏身處與激烈的營救戰
雖然希特隆用來追蹤電波的探測機器在途中發生故障爆炸，但幸好小智的箭雀從空中及時鎖定了達茲的吉普車，引領眾人找到了達茲隱藏在深林中的祕密基地。為了確保被囚禁的粉蝶蛹們的安全，小智先派出呱呱泡蛙進行偵查，確認達茲暫時離開後，眾人隨即潛入倉庫。然而，這卻是達茲設下的陷阱，除了小智以外的其他人都被困在陷阱籠子中。達茲隨即現身，並派出力量強大的掘地兔與小智的呱呱泡蛙展開對戰。掘地兔憑藉「泥巴射擊」與「臂錘」等強力招式讓呱呱泡蛙陷入苦戰。
華麗的進化與最終的正義
在戰鬥的關鍵時刻，原本被救回的那隻粉蝶蛹挺身而出，擋在小智面前保護大家。在強烈的守護意志下，粉蝶蛹散發出光芒，進化成了翅膀花紋亮麗的粉蝶紫。進化後的粉蝶紫展現出強大實力，先以「神秘守護」化解了掘地兔的攻擊，再配合「麻痺粉」成功制服對手。隨後趕到的君莎小姐與雷電獸徹底瓦解了達茲的反抗。粉蝶紫在戰鬥結束後灑下具有安撫效果的鱗粉，讓原本充滿敵意的達茲也失去了鬥志。最終，小智等人釋放了所有被囚禁的粉蝶蛹，看著成群的粉蝶蛹在夕陽下紛紛進化成各種花紋的粉蝶紫並集體飛往天際，畫面壯觀且感人。小智一行人也帶著這份溫暖的回憶，繼續踏上前往遙香市的旅程。