密阿雷市的重逢與驚人的真相
小智一行人來到了卡洛斯地區的核心都市——密阿雷市。莎莉娜正為這座時尚之都感到興奮，而希特隆與柚麗嘉卻顯得焦躁不安，試圖勸大家趕快離開。然而，他們在街頭偶遇了一位帶著電龍的男子——利莫內，他竟然是希特隆與柚麗嘉的父親。利莫內無意中揭露了希特隆就是密阿雷市引以為傲的道館館主，這讓不知情的小智和莎莉娜驚訝不已。
希特隆機器人的失控
在希特隆的坦白下，眾人得知了道館被佔領的真相。希特隆當初為了騰出時間進行發明，製作了代理館主機器人「希特隆機器人」，並設定了「必須擁有四枚徽章才能挑戰」等規則。沒想到在設定語音代碼時發生意外，導致機器人產生程式錯誤，不僅變得極度嚴苛，甚至將創造者希特隆本人也踢出了道館。目前的道館被機器人霸佔，許多實力不足的挑戰者都遭到了無情的驅逐與電擊對待。
潛入幻彩水晶塔
為了奪回道館並糾正錯誤，希特隆在小智的鼓勵下決定與自己的發明正面對決。眾人從小路潛入道館所在的幻彩水晶塔，在過程中遭遇了受機器人控制的小磁怪與三合一磁怪的攔阻。小智派出泡沫蛙，莎莉娜派出火狐狸協助迎戰，眾人突破重重防禦，終於抵達了道館中央的對戰場地。
希特隆對戰希特隆機器人
希特隆成功啟動了「主從辨識對戰模式」，必須透過寶可夢對戰來重新取得機器人的控制權。機器人派出了希特隆原本的王牌寶可夢——光電傘蜥，而希特隆則派出掘掘兔迎戰。機器人完全執行希特隆編寫的完美戰術，甚至讓光電傘蜥使出希特隆並不知情的招式「重踏」。陷入苦戰的希特隆想起小智靈活的對戰風格，命令掘掘兔在地下使用「影子分身」成功擾亂了機器人的判斷，最終以「泥巴射擊」擊敗光電傘蜥，贏得對戰。
新的約定與旅程的出發
希特隆成功將希特隆機器人重新編寫程式，加入了「體貼」、「謙和」與「協助挑戰者成長」等優點。事後，希特隆鼓起勇氣向父親表達了想繼續跟隨小智旅行的願望，希望能透過旅程累積經驗與勇氣。利莫內深受感動並大力支持。小智也與希特隆定下約定，等他集齊四枚徽章後，一定要回來與「真正的館主希特隆」進行一場正式的道館挑戰賽。在神祕的火焰雞假面注視下，小智與夥伴們帶著全新的牽絆，踏上了新的旅程。