回到純白鎮與久違的重逢
在結束了巡迴傑可羅拉群島的漫長航程後，小智與三色堇終於抵達了關都地區的純白鎮。對於小智而言，這不僅是回歸故里，也是在與艾莉絲、天桐分別後的新起點。回到家門口，小智首先見到了正在打掃的魔牆人偶，隨後與母親花子久別重逢。花子溫暖地迎接小智，並細心地接過他的背包準備換洗，雖然小智對於在合眾聯盟的成績感到些許遺憾，但花子以他平安歸來為最大的欣慰，並提議晚上邀請大木博士與三色堇一起共進晚餐。
大木博士研究所的寶可夢大集合
隨後，小智趕往大木博士研究所，此時三色堇正在採訪大木博士。在這裡，小智見到了擔任研究所「調解員」的妙蛙種子。大木博士向三色堇介紹，這隻妙蛙種子責任感極強，總能平息不同地區寶可夢之間的糾紛。當小智出現時，成群的肯泰羅熱情地衝向他表示歡迎。為了讓三色堇見識更多驚奇，大木博士觀察了三色堇的傘電蜥，而三色堇也應要求派出了強大的音波龍。然而，大木博士因研究熱情過頭，不慎觸發了音波龍的「爆音波」，被震得狼狽不堪，但他仍堅持這是為了全體位感受寶可夢能力的必要研究精神。
夢想與挑戰的延續
小智請妙蛙種子使用太陽光束作為信號，召集他在合眾地區冒險時的所有夥伴，包括噴火龍、水水獺、炒炒豬、藤藤蛇、高傲雉雞、滑滑小子、保姆蟲、地幔岩、藍蟾蜍及流氓鱷。看著夥伴們齊聚一堂，小智回憶起在合眾地區的點點滴滴，雖然沒能贏得冠軍，但他堅信這次旅程讓他變得更強。他當眾再次宣示了要成為「寶可夢大師」的夢想，並深感世界之大，還有更多未知的寶可夢等待著他。此時，鍥而不捨的火箭隊再度出現，企圖奪取研究所內的寶可夢，但在小智所有合眾夥伴合力使出的強力絕招下，火箭隊再次被擊飛。
航向卡洛斯地區的新冒險
火箭隊回到總部向坂木老大匯報，雖然將合眾地區捕獲的寶可夢上繳，但依然決定繼續追蹤小智。意外的是，老成員果然翁也在此時回歸了火箭隊。晚餐後，小智從三色堇口中得知卡洛斯地區也有寶可夢聯盟，且她的妹妹正是那裡的道館館主，這讓小智燃起了前往新地區挑戰的鬥志。花子雖然不捨，但也早已預料到兒子不會停下腳步，特地為他準備了一套嶄新的服裝。第二天一早，小智穿上新衣服，在母親與大木博士的目送下，與三色堇一同搭機前往卡洛斯地區。帶著皮卡丘與不變的決心，小智的新旅程正式拉開序幕。