火箭隊的最後襲擊
小智、艾莉絲、天桐與三色堇搭乘的客船即將抵達關都地區的枯葉市。在旅途即將結束之際，火箭隊為了在小智回到關都前奪取皮卡丘與其他寶可夢，發動了大規模的搶奪計畫。他們先是利用巨大的勇士鱸魚潛水艇試圖攔截客船，失敗後改用多個巨大氣球將整艘船吊起脫離海面，使船陷入混亂。小次郎更偽裝成乘務員喬治，誘騙小智等人拿出身體攜帶的精靈球，隨後利用真空吸引裝置將精靈球洗劫一空，並用特製的防電網抓住了皮卡丘與牙牙。
奪回精靈球與激烈的攻防戰
真正的乘務員喬治出現後，揭穿了火箭隊的陰謀。火箭隊不僅奪走了小智等人的精靈球，還企圖搶走船上其他乘客的寶可夢。為了脫困，小智、艾莉絲與天桐合力堆疊木箱，成功取回了被奪走的精靈球。小智隨後派出噴火龍，與天桐的花椰猴、艾莉絲的牙牙以及脫困後的皮卡丘聯手反擊。噴火龍展現強大的戰鬥力，輕鬆應對火箭隊的輕飄飄與敗露球菇。最終，在眾人的聯合攻擊下，火箭隊被擊飛消失在天際，而小智的藤藤蛇也利用葉暴風成功奪回了所有被搶走的精靈球。
枯葉市的離別與新旅程的起點
客船終於平安抵達枯葉市，這也是小智與艾莉絲、天桐共同旅行的終點。受關都寶可夢的啟發，艾莉絲與天桐決定展開屬於自己的新挑戰：艾莉絲決定前往城都地區的煙墨道館找小樁進行龍屬性的修行；而天桐則決定前往豐緣地區參加釣魚大賽。小智與三色堇在車站為兩人送行，在互道珍重與「Best Wishes」的祝福聲中，艾莉絲與天桐搭乘磁浮列車離去。結束了德可羅拉群島的冒險後，小智與皮卡丘帶著回憶與新的目標，與三色堇一同踏上回歸真新鎮的路途，準備迎接未來的卡洛斯地區之旅。