意外的相遇與坐騎山羊的失蹤
小智、艾莉絲與天桐在寶可夢記者三色堇的帶領下，來到了傑可羅拉群島某個島嶼的寶可夢中心。三色堇正在採訪喬伊小姐有關最新型的寶可夢診察裝置，而小智一行人也順便讓自己的寶可夢進行健康檢查。在等待期間，三色堇拜託小智他們幫忙看顧待在戶外的坐騎山羊。沒想到，一名叫作托尼的小男孩偶然靠近了坐騎山羊，並在觸碰山羊角後，坐騎山羊似乎感應到了男孩強烈的願望，竟私自帶著托尼離開了寶可夢中心。
尋找托尼與三色堇的回憶
發現坐騎山羊失蹤後，小智與三色堇在街上遇到了心急如焚的君莎小姐與托尼的母親。原來托尼因為想為在山頂天文台工作的父親慶祝生日，不顧母親反對帶著禮物偷偷溜出家門。三色堇解釋，坐騎山羊的角能感應到人類的心意，牠一定是感覺到托尼想見父親的強烈願望，才決定帶他去天文台。眾人決定分頭尋找，小智與三色堇走西側山路，艾莉絲與天桐則走東側。在登山途中，三色堇向小智分享了她當初如何與坐騎山羊相遇，並在一次山難中建立起深厚羈絆的往事。
突破重重阻礙前往天文台
小智與三色堇最終在山路上找到了托尼與坐騎山羊。雖然托尼一開始倔強地拒絕回家，但在三色堇溫柔地解釋坐騎山羊是為了實現他的願望才幫忙後，眾人決定一起護送托尼前往天文台。途中，他們遇到了成群的哎呀球菇阻擋去路，坐騎山羊載著眾人敏捷地躍過危險地帶。隨後，他們又面臨大雨導致橋樑崩塌的困境。在三色堇的指揮下，皮卡丘使用鐵尾砍斷枯木，並配合坐騎山羊的藤鞭將木頭架成臨時木橋，眾人這才順利渡過湍急的溪流。
感動的重逢與勇士雄鷹座
終於抵達山頂天文台後，托尼平安地與焦急等待的父親重逢。托尼拿出了他親手繪製的「勇士雄鷹座」畫作作為生日禮物，父親深受感動。隨後趕到的艾莉絲與天桐也為托尼的勇氣感到欣慰。夜幕降臨，大家在天文台仰望燦爛的星空，剛好在天空中看到了閃耀的勇士雄鷹座。在感人的氣氛中，小智一行人結束了這段難忘的冒險，繼續踏上前往關都地區的旅程。