抵達洞窟島與意外的重逢
小智、艾莉絲、天桐與記者三色堇一行人搭船抵達了傑可羅拉群島中以巨大洞窟著稱的「洞窟島」。在三色堇先行離開準備採訪器材時，眾人遇見了城都地區煙墨道館的館主小樁。小樁此行是為了收服棲息在島上的稀有「異色赤面龍」，但她的快龍卻在前往洞窟的途中意外失蹤。為了幫助小樁，小智派出了噴火龍，艾莉絲也派出快龍一同展開搜索。
雙快龍的衝突與火箭隊的陰謀
眾人很快發現了小樁的快龍，但牠正與艾莉絲的快龍發生激烈的肢體衝突。經過了解，發現小樁的快龍（雌性）非常喜愛花朵，因為艾莉絲的快龍（雄性）不慎踩壞了花草才引發這場爭執。就在此時，大量寶可夢從洞窟中驚慌逃出，小樁察覺到洞窟內正散發著令寶可夢厭惡的高頻音波。原來是火箭隊為了逼出異色赤面龍，封鎖了洞窟出口並裝設音波產生器。眾人合力破壞了阻擋道路的巨石並深入洞窟，成功制止了干擾機器。
艾莉絲的往事與龍之大師的心意
在尋找赤面龍的過程中，艾莉絲分享了她童年在龍之鄉的一段回憶：她曾因赤面龍兇猛的外表而感到恐懼，但在一次偶然的相遇中，她耐心地為受傷的赤面龍敷藥並安撫其情緒，赤面龍也在隨後的危險中保護了她。這段經歷讓艾莉絲意識到龍系寶可夢強悍外表下的溫柔，從而立志成為龍之大師。這番對話也讓小樁對艾莉絲的志向表示讚賞。
感化異色赤面龍與離別
眾人隨後發現異色赤面龍正遭到火箭隊的圍攻，且因憤怒而陷入了失控的「逆鱗」狀態。小樁拒絕使用武力鎮壓，她不顧危險親自走向憤怒的赤面龍，即使受傷也不退縮，用真誠的話語與溫柔的眼神傳達善意。最終，赤面龍平息了怒火，並深受小樁的熱情打動，自願進入精靈球成為她的夥伴。最後，小樁與小智一行人告別，準備前往雙龍道館拜訪夏卡並順道拜訪龍之鄉，兩位龍系大師的傳人也約定好下次見面時進行一場精采的對戰。