海盜傳說與無人島冒險的開端
正在前往關都地方的小智、艾莉絲、天桐，與寶可夢新聞記者三色堇一同在帆船上旅行。三色堇向大家展示了她在海盜博物館調查到的暗號，傳說中有一群帶著狡猾天狗、尼多王、夢妖魔、烏鴉頭，且肩上站著六尾的海盜，在某座無人島上埋藏了與寶可夢有關的傳說寶藏。這項情報激起了大家的好奇心，決定在椰子島附近的無人島靠岸，展開一場尋寶大冒險。
突破重重關卡與島上的守護者
眾人抵達無人島後，不僅要面對周圍險惡的漩渦，還發現島上地勢險峻。在探索過程中，他們看見了烏鴉頭在空中監視。隨後，他們在岸邊發現了海盜船的殘骸，卻在進入調查時遭遇強烈震動，船隻隨即沉入大海。接著，他們在岸邊發現了一面巨大的石牆，天桐觀察後發現這是一個巨大的拼圖機關。在眾人合力移動岩石完成拼圖後，隱藏的樓梯終於出現，通往島嶼中央的密林。
神祕森林的考驗與進化之石的發現
在密林中，小智一行人遭遇了夢妖魔與狡猾天狗等寶可夢的攻擊。三色堇察覺到，這些襲擊他們的寶可夢正是傳說中海盜所擁有的成員。過程中，小智與皮卡丘救下了被尼多王追趕的伊布。最終，眾人抵達山頂，發現了海盜寶可夢們的石像，並遇見了實力強大的九尾（即當年海盜肩上的六尾進化而成）。小智派出噴火龍展開激戰，成功壓制了九尾。此時，水水獺使用水炮清理了淤泥，揭開了隱藏的機關，找到一只華麗的寶箱。
寶藏的真相與美好的秘密
雖然火箭隊隨後現身企圖奪寶，但因之前的戰鬥耗盡體力，很快就被皮卡丘擊飛。當三色堇打開寶箱後，大家驚訝地發現裡面裝滿了各式各樣的進化之石，包括水之石、火之石、雷之石、葉之石、月之石、太陽之石等。這時大家才明白，島上的守護者們都是利用這些石頭進化的，而所謂的傳說寶藏，就是守護這群寶可夢生命進化的源頭。看著島上的伊布們在石頭能量引導下進化，三色堇決定將這次的發現從紀錄中全數刪除，將這座充滿神祕氣息的島嶼當作他們之間的秘密，守護寶可夢們安穩的生活。