偶遇幻之寶可夢基拉祈
正朝著關都地區繼續旅行的小智、艾莉絲與天桐，來到了大納島的一座山腳下露營。深夜，皮卡丘與牙牙在森林中偶遇了幻之寶可夢——基拉祈。根據寶可夢圖鑑的記載，基拉祈每一千年只會清醒七天，且擁有能實現任何願望的力量。小智因過於興奮地大聲打招呼，不小心嚇跑了基拉祈，這讓想和基拉祈做朋友的皮卡丘與牙牙感到些許沮喪。
荷莉的願望與荒蕪的山脈
隔天清晨，眾人遇見了急切尋找基拉祈的少女荷莉。荷莉的母親蘿塔絲向小智一行人解釋，這座山曾經充滿綠意與水源，但多年前因乾旱導致湖泊乾涸、草木枯萎，居民紛紛離去。荷莉的父親卡庫特為了尋找水源已離家兩年。荷莉深信只要找到基拉祈並許下願望，就能讓大山恢復原貌，進而讓父親早日歸來。深受感動的小智決定全力協助荷莉，在基拉祈甦醒的最後期限內找到牠。
建立信任與火箭隊的阻撓
在搜尋過程中，荷莉因為心急，幾次在基拉祈出現時表現得過於強勢，導致基拉祈因恐懼而逃走。在天桐的建議下，荷莉學會放下焦躁，試著以朋友的身份與基拉祈溝通。透過皮卡丘與牙牙的牽線，基拉祈終於放下戒心，願意跟隨荷莉前往山頂的祠堂實現願望。然而，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵突然現身，利用捕獸網抓住了基拉祈，並讓胖嘟嘟與露露巴雷魯使出「孢子」與「麻痺粉」讓皮卡丘和牙牙陷入異常狀態。
基拉祈的自我犧牲與奇蹟發生
為了自救，基拉祈爆發出強大的「精神強念」彈開火箭隊，並在關鍵時刻使出「治癒之願」，消耗自己的全部體力治癒了皮卡丘與牙牙。基拉祈隨後陷入昏迷，這讓荷莉自責不已。此時，正好調查歸來的父親卡庫特出現，指示大家將基拉祈帶往山頂祠堂的地理能量匯集處。在祠堂前，荷莉流著淚表示不再強求復甦大山，只求基拉祈能恢復健康。這份無私的心願感應了地脈，基拉祈成功吸收大地能量而甦醒，同時大山的水脈也奇蹟般地重新噴湧。
溫馨的道別與新的希望
隨著水源的回歸，乾枯的大地重新煥發生機，荷莉一家三口也終於團圓。基拉祈在離開前，在空中留下了「謝謝」的心靈訊息，隨後重新化作流星般的姿態，進入下一個千年的長眠。小智一行人見證了這場七日奇蹟後，帶著溫暖的回憶，繼續踏上前往關都地區的航程。