抵達渡理島與大進化的奇觀
小智、艾莉絲與天桐在搭乘拉普拉斯郵輪前往關都地區的旅途中，抵達了著名的「渡理島」。這座島嶼是具有遷徙習性的寶可夢們休息與繁衍的重要中繼站。小智一行人在島上目睹了壯觀的自然奇景：成群的鐵甲蛹在同一時間集體進化成巴大蝶，並在夕陽下翩翩起舞，準備飛向海洋進行遷徙。這如夢似幻的場景讓眾人深感震撼，天桐也讚嘆這正是大自然的神祕之美。
落單的綠毛蟲與小智的回憶
在進化的熱潮過後，小智在森林中發現了一隻睡眼惺忪、動作遲緩的綠毛蟲。這隻綠毛蟲因為尚未進化，無法加入同伴的遷徙隊伍而落單。看著這隻綠毛蟲，小智想起了自己踏上冒險旅程後第一隻收服的寶可夢正是綠毛蟲，這份特殊的革命情感讓他無法坐視不管。為了幫助這隻綠毛蟲在下一波遷徙前完成進化，小智聯絡了大木博士，將自己隊伍中的保姆蟲交換過來，希望能藉由同樣是蟲屬性且具有母性的保姆蟲來引導綠毛蟲訓練。
克服萬難，邁向進化的第一步
訓練過程起初並不順利，這隻綠毛蟲性格悠哉且酷愛午睡，甚至在對戰中逃跑。但在小智的耐心陪伴下，他們一起攀爬樹木、尋找喜歡的橙果，逐漸建立了深厚的信賴關係。隨後，他們在森林中誤入了圈圈熊的領地，面對強大的敵人，綠毛蟲為了保護小智激發了勇氣，使用觸角散發臭氣並用吐絲成功牽制圈圈熊。在這次實戰經驗中，綠毛蟲終於累積了足夠的能量，成功進化成了鐵甲蛹。然而，喬伊小姐隨後傳來消息，由於氣候變化，最後一波巴大蝶群將提前在隔日黎明出發，小智與鐵甲蛹必須把握最後的關鍵時間進行特訓。
火箭隊的襲擊與最後的蛻變
就在小智陪著鐵甲蛹進行徹夜特訓時，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵突然現身，並使用特製膠囊抓走了皮卡丘與鐵甲蛹。小智在救助過程中被敗露球菇壓制，陷入危機。就在這千鈞一髮之際，鐵甲蛹看著受傷的小智，強烈的守護之心促使牠完成了最終的蛻變，進化成美麗的巴大蝶。進化後的巴大蝶展現強大的實力，利用「念力」救出小智，並與皮卡丘合力使用「幻象光線」與「十萬伏特」將火箭隊擊飛，成功化解了危機。
感人的離別與約定
黎明時分，巴大蝶群開始起飛。雖然巴大蝶流露著不捨，但小智明白為了牠的成長，必須讓牠回到同伴身邊進行遷徙。小智強忍著淚水，對著飛向遠方的巴大蝶揮手告別，並叮囑牠不要在路上打瞌睡，要努力成為最強壯的巴大蝶。看著巴大蝶遠去的背影，小智也默默與當年自己培育的那隻巴大蝶許下再次見面的約定。帶著這份溫暖的回憶與新的勇氣，小智一行人繼續朝向關都地區前行。