郵輪上的不速之客
小智、艾莉絲與天桐正搭乘郵輪在德科羅拉群島間旅行，享受著悠閒的海上時光。然而，船上突然響起警報，郵輪的糧食庫遭到入侵，大量高級食材被洗劫一空。原來這是一群由寶可夢組成的「寶可夢海賊團」所為，成員包括藍鱷、奧克托恩、瑪力露麗與鴨寶寶。就連打算偷東西的火箭隊三人組，也在過程中與海賊團發生衝突，喵喵更陰錯陽差地掉到了海賊團的木筏上，被帶往他們的神祕據點。
海賊團的悲慘過去
眾人抵達下一個島嶼後，從小島的君莎小姐口中得知，這群海賊團近期在德科羅拉群島四處作亂，不僅搶奪路人的食物，還偷取田裡的西瓜，讓警方十分頭痛。為了尋找海賊團的下落，小智派出噴火龍從空中偵查，順利找到了隱藏在度假勝地附近的荒島據點。當小智一行人隨君莎小姐趕到現場時，喵喵正充當翻譯，訴說著這群寶可夢的心聲。原來藍鱷牠們都曾被不負責任的訓練家拋棄，有的因為進化後外型不再可愛，有的因為在對戰中落敗。這些痛苦的經歷讓牠們對人類失去信任，決定組成海賊團向人類展開報復。
尊嚴的對戰與救贖
同樣有過被拋棄經歷的炒炒豬對牠們的遭遇感到同情，但小智的藤藤蛇則表現出強硬的態度，主張應該用實力開創新的未來。雙方達成協議，決定以二對二的雙打對戰來解決糾紛。小智派出炒炒豬與藤藤蛇，對抗藍鱷與瑪力露麗。雖然海賊團實力強勁且配合默契，但在小智的出色指揮與炒炒豬、藤藤蛇的堅持下，最終小智獲得了勝利，海賊團也承諾不再行惡。此時火箭隊企圖煽動海賊團加入他們，但隨即被小智與寶可夢們聯手擊飛。
轉變與新的開始
正當事情告一段落時，海面上突然風雲變色，暴風雨來襲。一艘載著火紅不倒翁們的小型橡皮艇在岩石區失控受困，由於君莎小姐的巡邏艇無法靠近危險岩礁，藍鱷等寶可夢主動請纓。憑藉著優異的水中活動能力，海賊團成員通力合作，成功將火紅不倒翁們平安救回岸邊。看見牠們展現出英勇救人的一面，君莎小姐提議讓牠們加入「海難救助隊」擔任助手，將天賦用在保護他人上。海賊團成員在向受害者們誠心道歉後，決定跟隨君莎小姐展開新生活，小智一行人也帶著感動，繼續前往關都地區的旅程。