大木博士的目標：洛托姆
正在デコロラ諸島（傑可羅拉群島）旅行的小智、艾莉絲與天桐，抵達了姆托羅島，並在那裡與大木博士會合。大木博士此行的目的是捕捉「電漿寶可夢」洛托姆。他向眾人介紹洛托姆擁有進入特定家電後進行「型態變化」的神奇能力，包括加熱洛托姆、清洗洛托姆、旋轉洛托姆、結冰洛托姆以及切割洛托姆。為了撰寫相關研究論文，大木博士希望能親自捕捉一隻洛托姆帶回研究所。
充滿驚喜的午餐時間
根據喬伊小姐的說明，島上的洛托姆擁有「午餐時間」的習慣，牠們會到發電廠吸取電力，導致島上發生短暫停電。吃飽後的洛托姆會到鎮上惡作劇，因此鎮民特地為牠們打造了一個充滿家電的遊戲場。小智一行人來到遊戲場，皮卡丘釋放出強大電流作為誘餌，成功吸引了三隻洛托姆現身。大木博士雖然嘗試直接捕捉，但洛托姆頑皮地躲開，甚至電擊了博士，展現出高度的自主意識與體力。
火箭隊的野心與干擾
天桐派出泥巴魚，但其電力似乎不合洛托姆的胃口；艾莉絲的導電飛鼠雖然电力受歡迎，卻因與洛托姆產生衝突，引發洛托姆頻繁變換型態追擊導電飛鼠。此時，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵介入戰局。他們利用發電廠輸送的新鮮電力將三隻洛托姆吸引過去，並使用特製的機械裝置捕捉了其中一隻，打算將洛托姆作為征服世界的超級機械動力源，甚至宣稱使用了靈異封印貼紙來防止洛托姆逃脫。
友情收服與旅途再出發
為了救回洛托姆，小智派出了龍頭地鼠與流氓鱷，利用地面屬性的優勢完全封鎖了洛托姆被強迫發出的電力攻擊。皮卡丘則趁隙以鐵尾破壞捕捉裝置，讓被困的洛托姆重獲自由。三隻洛托姆合力將火箭隊擊飛後，大木博士細心地為其中一隻在戰鬥中受傷的洛托姆包紮，這份真誠感動了洛托姆。最終，洛托姆主動願意跟隨大木博士，讓他成功達成捕捉目標。大木博士帶著洛托姆搭機返回關都，而小智一行人則繼續搭船，朝向下一個島嶼邁進。