霧中的巨影與馬赫拉群島的傳聞
在前往關都地區的傑可羅拉群島航程中，小智、艾莉絲與天桐在濃霧中目擊了一個巨大的寶可夢身影，但船員波加卻表示雷達並未發現異狀，令眾人感到困惑。抵達馬赫拉本島後，小智等人從商店老闆口中得知，附近的無人小島十多年前曾有巨大寶可夢出現的傳聞，但該島目前已是封鎖的保護區。出於好奇與冒險心，小智一行人趁著退潮現出的沙徑，前往那座神秘的小島探險。
森林中的幻影與危機
進入島上的森林後，眾人遭遇了一隻體型異常巨大的食蟻爐襲擊。在混亂的戰鬥中，艾莉絲的牙牙不慎吸入了敗露球菇的「蘑菇孢子」而陷入沉睡。奇怪的是，正當小智的皮卡丘與巨大的食蟻爐交戰時，一名神祕的女子出現並平息了事態，隨後食蟻爐與火焰竟如幻影般憑空消失，現場未留下任何戰鬥痕跡。為了治療昏迷的牙牙，小智一行人在森林深處意外發現了一座看起來相當老舊的寶可夢中心。
神祕的寶可夢中心與喬伊小姐
這座寶可夢中心的喬伊小姐與差不多娃娃舉止怪異，不僅能瞬間移動，還使用極為傳統且古老的方式調配藥草。在喬伊小姐的治療下，牙牙順利康復。然而此時，一名自稱是寶可夢中心調查員的老年喬伊小姐出現，揭穿了驚人的真相：這座寶可夢中心早在十多年前就因遊客稀少而關閉，現場不應該有任何工作人員。隨著真相被揭開，原本年輕的喬伊小姐現出了原形，竟然是一隻索羅亞克。
索羅亞克的守護與重獲新生
原來這隻索羅亞克就是十多年前，曾被當時在此任職的調查員喬伊小姐救治過的索羅亞。索羅亞克為了報恩，在中心關閉後依然留在島上，利用幻影守護著這座中心，並變身成喬伊小姐的模樣為受傷的野生寶可夢進行治療。之前的巨大食蟻爐也是牠為了嚇走盜獵者所製造的幻影。得知真相的調查員喬伊小姐深受感動，決定向總部申請重啟這座寶可夢中心，專門作為野生寶可夢的醫療據點，並與索羅亞克一同守護這片森林。小智一行人協助清理完中心後，帶著感動的心情繼續踏上前往關都的旅程。