抵達蜂蜜島與火箭隊的陷阱
小智、艾莉絲與天桐在搭船前往真新鎮的旅途中，抵達了傑可羅拉群島中的「蜂蜜島」。這座島嶼以三蜜蜂採集的「蜂蜜島蜂蜜」製作的甜點而聞名。正當眾人滿心期待品嚐美食時，偽裝成島嶼觀光局職員的火箭隊三人組出現，假借抽中特別獎的名義，誘騙小智一行人搭上特製的「蜂蜜號」巴士。在前往所謂甜點工廠的途中，火箭隊現出原形並試圖捕捉皮卡丘，混亂中水水獺發動攻擊，卻意外波及路邊的鐵殼蛹，導致大量鐵殼蛹集體進化成憤怒的大針蜂。為了躲避大針蜂的追擊，眾人與寶可夢在混亂中走散了。
森林中的迷失與喵喵的計畫
皮卡丘、牙牙與水水獺發現自己與訓練家分離，並遇到了同樣落單的喵喵。喵喵心懷鬼胎，表面上假裝要負責帶路領大家前往港口會合，實則盤算著將三隻寶可夢帶到武藏與小次郎的埋伏地點。在旅途中，喵喵展現出「合作」的姿態，甚至使用亂抓砍樹製作木板渡河。雖然過程中遭遇到鐵砲魚的噴水攻擊，但三隻寶可夢與喵喵逐漸產生了某種默契。與此同時，小智、艾莉絲與天桐分別派出噴火龍與快龍進行空中搜索，卻在森林中遭遇兇猛的圈圈熊，搜救過程充滿阻礙。
大食花的襲擊與真誠的情誼
在趕路過程中，牙牙不慎誤闖野生大食花的領地，喵喵為了阻止他們而不幸被大食花的「麻痺粉」擊中，全身動彈不得。雖然喵喵一直計畫著背叛，但皮卡丘、牙牙與水水獺卻不離不棄，特地進入草叢尋找藥草治癒了喵喵。喵喵被他們的純真與善意深深打動，甚至感嘆如果他們是同伴該有多好，但礙於火箭隊的立場，他只能繼續帶領他們前往港口。
真相大白與甜蜜的結局
眾人終於抵達港口，武藏與小次郎偽裝成警察試圖強行帶走皮卡丘等寶可夢。關鍵時刻，小智等人搭乘噴火龍與快龍及時趕到，當場拆穿了火箭隊的偽裝。在戰鬥中，小智與艾莉絲合力發動猛烈攻勢，將火箭隊三人組擊飛。隨後，喬伊小姐與差不多娃娃及時出現，解釋了島上山區的危險性。為了慰勞辛苦的一行人，喬伊小姐在寶可夢中心準備了豐盛的蜂蜜盛宴，包括蜂蜜鬆餅、捲心蛋糕與「大奶罐蜂蜜」。在品嚐完令人陶醉的甜美滋味後，小智一行人重新振作精神，繼續朝向真新鎮邁進。