回到故鄉的決定與新的同伴
在成功阻止電漿團的野望後，小智與夥伴們回到了合眾地區的鹿子鎮，並在紅豆杉研究所休整。小智向大家表示，他打算回到關都地區向大木博士報告這段旅程的經歷。令人驚喜的是，艾莉絲為了見識更多不同地區的龍屬性寶可夢，以及天桐為了提升身為寶可夢酒侍的見聞，兩人皆決定陪同小智一起前往關都地區。紅豆杉博士建議他們可以從鹿子鎮搭乘遊輪，經由風景優美的傑可羅拉諸島前往關都，小智一行人聽聞島上還有許多稀有的寶可夢，便興奮地接受了這個提議。
火箭隊的陰謀與虛假的航程
與此同時，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵因為先前對抗電漿團的功績，獲得了首領坂木的嘉獎。為了進一步立功，他們計畫在海上航行期間捕捉小智的皮卡丘。火箭隊利用變裝巧妙地調包了小智等人的船票，並將他們引導至一艘破舊的陷阱船上。上船後，火箭隊偽裝成船員，以「寶可夢放鬆裝置」為藉口，將皮卡丘、牙牙以及小智等人的精靈球強行分離並隔離，隨後更將小智、艾莉絲與天桐反鎖在狹窄的客艙內，企圖將他們一網打盡。
水水獺的活躍與海上的激戰
就在危急時刻，小智的水水獺因為先前偷偷跑出精靈球而避開了火箭隊的控制。水水獺發揮機智救出了被困的小智等人，並引領他們找回皮卡丘與其他的精靈球。火箭隊見事跡敗露，終於現出原形並展開戰鬥。在激烈的對戰中，艾莉絲派出龍頭地鼠使用「挖洞」，卻不慎在破舊的船底開了大洞導致海水湧入。雖然火箭隊試圖讓敗露球菇和滾滾蝙蝠堵住破洞，但最終船隻仍發生爆炸並沉沒，火箭隊也隨之被打飛，小智等人則趁機逃脫，並在海灘上意外拾獲了紅豆杉博士當初購買的真正船票。
向傑可羅拉諸島出發
就在真正的傑可羅拉汽船即將啟航的最後一刻，小智一行人及時趕到了碼頭。他們在那裡遇見了親切的首席乘務員帕克，並正式登上了豪華的遊輪。隨著遊輪緩緩駛離鹿子鎮，小智正式告別了合眾地區。雖然未知的旅程充滿挑戰，但帶著新的目標與夥伴，小智在前往關都的航路上，即將展開一場環繞傑可羅拉諸島的全新冒險。