電漿團的野心與萊希拉姆的復活
在合眾地區的白色遺跡，電漿團的首領魁奇思利用光明石成功舉行了復活儀式。隨著強大力量的湧現，傳說中的寶可夢——萊希拉姆在濃霧中現身。此時，一直隱居的安特與巴貝娜帶著沙奈朵與哥德小姐趕到現場，試圖救走被囚禁的N，然而阿克羅瑪博士立刻啟動了寶可夢控制裝置，將沙奈朵與哥德小姐洗腦，反過來攻擊她們。N眼見兩年前的悲劇即將重演，內心充滿了痛苦與掙扎。
被操縱的傳說與跨組織的聯手
萊希拉姆現身後對人類展現出強烈的憤怒，但阿克羅瑪的控制機器展現了驚人的威力，強行改寫了萊希拉姆的意識，使其淪為電漿團的破壞兵器。在危急時刻，為了守護世界與寶可夢的未來，國際警察帥哥向火箭隊的武藏、小次郎與喵喵提議暫時合作。火箭隊雖然抱持著自己的野心，但也不齒魁奇思不顧部下安危的作風，於是喵喵挺身而出，與小智一同衝向控制裝置，試圖將其破壞。
羈絆的力量超越科學控制
小智為了保護皮卡丘不被機器控制，捨身擋在光束面前。儘管皮卡丘最終仍被控制光束擊中，但在小智聲嘶力竭的呼喊與強大的情感羈絆下，皮卡丘在腦中展開了激烈的意志鬥爭。皮卡丘展現了超越阿克羅瑪理論的意志力，在半受控的狀態下奮力使出「電球」，精準擊中並徹底摧毀了控制裝置。隨著裝置崩解，原本被控制的寶可夢們與萊希拉姆終於恢復了自我意識。
理想與真實的對話
恢復自由的萊希拉姆雖然平息了洗腦的痛苦，但對人類的憤怒依然不減。N挺身而出，用心靈感應與萊希拉姆對話。N向萊希拉姆展示了小智與寶可夢之間不離不棄的真實情感，並強調在場的眾人為了守護同伴所付出的努力。萊希拉姆感受到人類心中確實存在著與寶可夢共存的「理想」與「真實」，最終收起了怒火，在N的目送下飛向天際。
電漿團的覆滅與新的船出
隨著控制裝置被破壞，帥哥率領國際警察將魁奇思、阿克羅瑪等電漿團成員一網打盡。N決定帶領安特與巴貝娜重新審視這個現實世界，為了將人類與寶可夢共存的理想化為現實而踏上新的旅程。小智一行人則回到了港口，與紅豆杉博士的父親告別。在解決了合眾地區最大的危機後，小智、艾莉絲與天桐決定一起搭船前往關都地區，展開下一段充滿期待的冒險。