白色遺跡的危機與等離子團的攻勢
等離子團為了奪取能喚醒傳說中寶可夢萊希拉姆的「光明石」，對白色遺跡發動了猛烈的襲擊。阿克羅瑪利用寶可夢控制裝置，操縱了遺跡周邊的泥偶巨人與修繕老頭等寶可夢向考古團隊步步逼近。天桐與艾莉絲分別派出岩殿居蟹和快龍進行反擊，但在強大的控制電波威脅下，為了避免寶可夢被洗腦，眾人不得不將寶可夢收回精靈球中。而國際警察帥哥也正苦於應對等離子團的攻勢，等待援軍的到來。
小智的信念與地底的突破
此時，小智與Ｎ被困在地底深處。儘管處境艱難，小智仍以「冒險心得第四條：絕不放棄」鼓勵Ｎ。為了逃出生天，小智派出了所有的夥伴——皮卡丘、水水獺、炒炒豬、藤藤蛇、流氓鱷與噴火龍。在夥伴們的通力合作下，利用水水獺軟化土質、流氓鱷挖掘、噴火龍與炒炒豬開路，展現了強大的團隊默契。Ｎ目睹這一切，對小智與寶可夢之間深厚的羈絆感到震撼，這與他過去所認知的世界完全不同。
羈絆的試煉與皮卡丘被控
當小智一行人成功回到地面與同伴會合時，等離子團的指揮官安潔與布拉德立即發動攻擊。戰鬥中，阿克羅瑪瞄準了不在精靈球裡的皮卡丘，成功發射電波控制了牠。被洗腦的皮卡丘對小智發動了猛烈的十萬伏特，小智卻毫不退縮，忍受著強大的電擊衝向皮卡丘，試圖用真誠的呼喚喚回夥伴。小智這種捨身守護的精神，讓Ｎ深受感動。
Ｎ的犧牲與魁奇思的降臨
為了終止皮卡丘的痛苦並守護同伴，Ｎ決定挺身而出。他以交出「光明石」為條件，要求等離子團停止對皮卡丘的控制。等離子團答應了這項交易，收回了電波，皮卡丘終於恢復意識回到小智懷中。就在此時，等離子團的最高領導人魁奇思搭乘飛機抵達遺跡現場。他奪走了光明石，並宣稱不再需要Ｎ的力量，因為他們已經擁有阿克羅瑪研發的科技手段。
儀式的開始與傳說甦醒
魁奇思隨即在遺跡中心開啟了神聖的復活儀式，黑暗的能量壟罩著光明石。儘管Ｎ聲嘶力竭地對著光明石呼喊，懇求萊希拉姆不要現身以免被人類利用，但在強大儀式的引導下，光明石開始釋放出劇烈的火焰與光芒。故事在萊希拉姆即將甦醒的緊張氛圍中畫下句點，一場決定理想與真實命運的決戰即將展開。