別墅中的特訓與突發事件
小智與夥伴們為了準備即將到來的「寶可夢世界錦標賽 青少年盃」，目前正在合眾地方東部的希羅娜別墅中進行特訓。小光的象牙豬與小智的炒炒豬展開了一場力量對決，實力不相上下。正當大家在特訓後的休息時間享受果汁時，一位名叫克里斯的少年焦急地跑來尋求幫助，表示他的夥伴噴嚏熊突然不見了。
酒侍偵探天桐登場
天桐隨即進入了「酒侍偵探時間」，帶領大家前往克里斯居住的豪宅調查。克里斯表示，昨晚他親自將噴嚏熊送進專屬的寶可夢小屋並鎖上門，但隔天一早卻發現屋內空無一物。面對這個宛如「密室失蹤」的謎團，天桐展開細緻搜查，並在圍牆下發現了一個隱蔽的土丘隧道。雖然克里斯認為圍牆設有警報裝置不可能有人闖入，但隧道痕跡顯示有小型寶可夢頻繁出入。
森林中的追蹤與美洛耶塔之歌
眾人順著足跡進入森林，中途遇到了電電蟲的干擾，導致波加曼與水水獺發生爭執。此時，美洛耶塔現身並唱起優美的旋律，撫慰了寶可夢們焦慮的心情。接著，艾莉絲憑藉對森林的了解，帶著大家找到了一處果樹林，並在此發現了一隻神情異常、獨自坐著的凍原熊。天桐推測這隻凍原熊就是進化後的噴嚏熊，但克里斯嘗試用精靈球收回時卻失敗了，證明這是一隻野生的凍原熊。
真相大白與友誼的羈絆
正當線索中斷時，失蹤的噴嚏熊竟然與一隻幼基拉斯一同出現。原來，真相是這隻野生的幼基拉斯挖掘了隧道進入小屋，與噴嚏熊成為玩伴，並在昨晚將牠帶出去玩耍。至於凍原熊，只是一隻感冒鼻塞的野生個體，因外觀相似才引發誤會。看到噴嚏熊與幼基拉斯感情深厚，小智決定進行一場對戰來激勵克里斯與噴嚏熊。小智派出滑滑小子與幼基拉斯交手，這場充滿氣勢的對抗最終以平手收場。
邁向旅程的新決意
親眼目睹了寶可夢對戰的熱血與成長，從未旅行過的克里斯深受感動。他決定在收服幼基拉斯後，帶著噴嚏熊一起踏上修行之旅。小智一行人告別了克里斯，繼續為青少年盃精進實力。而在暗處，火箭隊三人組似乎已經掌握了美洛耶塔的蹤跡，正向塞格博士傳送關鍵數據，醞釀著新的陰謀。