前往尋找復活草與抵達米洛斯島
為了挑戰帆巴道館，小智與皮卡丘再次拜訪道館訓練家菊老大。然而，菊老大卻以忙於處理「復活草」短缺的問題為由，拒絕了小智的挑戰。他提出如果小智等人能找來復活草，便答應進行道館對戰。在查爾斯的建議下，小智、艾莉絲與天桐前往傳說中唯一出產復活草的米洛斯島。抵達後，他們發現島上的草木枯萎，連野生的木棉球與島民悠藤的裙兒小姐都顯得虛弱無力。
土地雲的傳說與環境異變
悠藤告訴眾人，米洛斯島自古流傳著「豐饒之神」土地雲的傳說。相傳在遠古時期，風之神龍捲雲與雷之神雷電雲在島上激鬥導致生靈塗炭，最終是土地雲捨身阻止了兩者，並在島民獻上復活草治癒傷勢後，將這片土地變得肥沃。為了緩解當前的乾旱，悠藤準備透過哥德小童進行祈雨儀式，希望藉此讓復活草重新生長。然而儀式進行到一半，天空卻出現了不尋常的烏雲。
傳說對決與火箭隊的陰謀
本應被封印在島外的龍捲雲突然現身並發起攻擊，隨後雷電雲也緊接著降臨。悠藤驚覺島上用來震懾這兩尊神祇的「楔子石碑」竟遭人蓄意破壞。事實上，這一切都是火箭隊的武藏、小次郎與喵喵為了執行賽格博士的計畫所為，他們故意引發兩大傳說寶可夢的衝突，意圖實施更深層的陰謀。
召喚土地雲與艾莉絲的巫女使命
龍捲雲與雷電雲在島上展開毀滅性的戰鬥，小智、艾莉絲與天桐分別派出藤藤蛇、龍頭地鼠、牙牙及泥巴魚試圖介入阻止，但在傳說寶可夢壓倒性的力量面前顯得無能為力。悠藤指出，現在唯一的希望就是召喚土地雲來平息戰火，而這需要一名純潔的少女擔任「巫女」。在眾人的期待下，艾莉絲穿上祭典服飾，在哥德小童的引導與石碑前虔誠祈禱，最終在璀璨的光芒中，傳說中的土地雲終於顯現了身影。