偶遇馬拉卡斯三人組
小智、艾莉絲與天桐在前往帆巴市的旅途中，遇見了正在練習舞蹈的訓練家托比歐及其三隻馬拉卡斯：小馬、小拉與小卡。托比歐的目標是帶著他的「馬拉卡斯三人組」參加雷文市著名的寶可夢音樂劇試鏡。然而，他們在練習原創表演的壓軸大招「越過彩虹」時遇到了瓶頸，組合中的小卡始終無法成功完成最後的跳躍與著陸，這讓托比歐感到十分焦慮。
展開特訓與三人對戰
為了幫助托比歐，小智一行人決定加入特訓。天桐派出花椰猴，艾莉絲派出牙牙，小智則派出水水獺協助節奏練習，雖然中間一度因為寶可夢們的爭吵而混亂，但艾莉絲的導電飛鼠隨後嚴格地教導了小卡跳躍的技巧。為了強化三隻馬拉卡斯之間的默契，天桐建議進行「三人對戰」。這也是小智的首場三人對戰經驗，他派出皮卡丘、暖暖豬與藤藤蛇應戰。對戰中小卡的表現雖有進步，但在最後關頭仍因恐高而退縮，導致練習再次失敗。托比歐在壓力下對小卡大發雷霆，傷心的小卡隨即跑進了森林。
托比歐的夢想與小卡的成長
在尋找小卡的過程中，托比歐向小智等人透露了他的過去。他來自一個因礦山關閉而逐漸荒廢的故鄉，童年時的一場寶可夢音樂劇表演曾讓全鎮團結並重拾笑容，當時出現的彩虹令他印象深刻。他希望讓馬拉卡斯三人組成為明星，以此振興故鄉。此時，小卡在森林中意外遭遇兇猛的蜈蚣王襲擊。為了在危急時刻保護自己並回應夥伴，小卡展現了驚人的爆發力與跳躍技巧。托比歐也及時趕到並向小卡道歉，雙方重修舊好，默契也因此昇華。
成功的華麗演出
眾人趕回鎮上的寶可夢表演大會，艾莉絲與牙牙先上台表演為托比歐爭取時間。作為最後一組參賽者，馬拉卡斯三人組登台演出。他們配合節奏使出「花瓣舞」與「飛彈針」，最後小卡克服了恐懼，在高空中成功使出「晴天」，讓花瓣與飛彈針的光芒交織成一道絢麗的彩虹。這場完美的「越過彩虹」表演贏得了全場喝采，托比歐也順利奪得大會冠軍。帶著成功的自信，托比歐與三人組告別小智一行人，前往雷文市追尋音樂劇之夢，而小智也繼續踏上前往下一個道館的旅程。