地鐵集章活動與雷文市觀光
在小智贏得雷文體育館賽後，為了等待帆巴大橋修復，眾人留在雷文市觀光。身為「地鐵侍酒師」的天桐為了能在限時內集滿60個「地鐵集章活動」的印章，以便獲得挑戰地鐵總管的資格，獨自展開了急迫的集章之旅。與此同時，小智與艾莉絲則前往大球場觀看球賽，並參加了寶可夢音樂劇。在音樂劇表演中，小智的水水獺因為擅自衝上台，意外讓小智與皮卡丘也被拉上舞台參與了一場華麗的演出。
迷路的牙牙與艾莉娜
觀光途中，艾莉絲的牙牙在雷文市著名的摩天輪附近發現了一隻落單的雌性牙牙。小智與艾莉絲意識到這隻牙牙與訓練家走散了，決定幫牠尋找主人。另一方面，天桐在集章途中遇到了一位名叫艾莉娜的少女，她也因為不擅長搭乘地鐵而與自己的寶可夢——也就是那隻雌性牙牙失散。天桐發揮地鐵侍酒師的專業，主動提出協助，卻在慌忙中帶領艾莉娜搭錯了方向的列車。
感動的重逢與地鐵總管的邀請
艾莉絲想到一個主意，她在車站的集章處留下了一個特殊的牙牙印章，並畫上摩天輪的圖案作為線索。這份細心讓天桐與艾莉娜及時發現了牙牙的去向。在兩位地鐵總管——北尚與南廈的協助調度下，雙方終於在雷文中央車站重逢。雖然集章活動的時間已過，但艾莉娜拿出了她在尋找牙牙途中順手蓋下的最後一個印章送給天桐，讓天桐驚險地完成了集章任務。北尚與南廈感受到眾人對寶可夢的熱愛與互助精神，特別許可小智與天桐與他們進行一場二對二的雙打對戰。
齒輪站的巔峰對決
對戰在被譽為地鐵迷聖地的「齒輪站」展開。北尚與南廈分別派出強大的水晶燈火靈與麻麻鰻魚王，而小智與天桐則派出暖暖豬與花椰猴應戰。天桐將這場對戰比喻為「完美的時刻」，與小智展現了如列車班表般精準的配合，暖暖豬與花椰猴交替掩護，發動華麗的攻勢。然而，地鐵總管展現了壓倒性的實力與默契，最終水晶燈火靈與麻麻鰻魚王以完美的連鎖攻擊擊敗了小智與天桐。
啟程前往下一個目的地
戰鬥結束後，雙方都對這場精彩的對話感到滿足。此時傳來消息，通往帆巴市的帆巴大橋已經修復完成。在離開雷文市之前的最後黃昏，小智、艾莉絲、天桐與艾莉娜一同搭乘了嚮往已久的摩天輪，欣賞城市夕陽。隨著艾莉娜與牙牙平安踏上歸途，小智一行人也帶著滿滿的回憶與新的目標，準備前往帆巴市挑戰下一個道館。