前往雷文市的途中：虛弱的噴嚏熊
小智、艾莉絲、天桐與喵喵在前往下一個道館所在地雷文市的途中，穿越一座崎嶇的山脈。由於兩天前暴風雨的影響，山路變得異常荒涼。在路途中，他們發現了一隻體力耗盡、倒在路邊的噴嚏熊。這時，喵喵發現了一顆藍橘（官方釋名：奧倫果）想要餵食噴嚏熊，卻突然遭到一群憤怒的凍原熊包圍。正當眾人陷入危機時，當地的山岳保安官克里夫帶著他的搭檔功夫鼬出現，並成功救出了大家。
兩個凍原熊群體的對立
克里夫向大家解釋，這座山上有兩個凍原熊群體，分別居住在山頂與山麓。這隻獲救的噴嚏熊屬於山頂群體，但剛才襲擊他們的則是山麓群體。雖然雙方原本並無敵意，但山麓的凍原熊不知為何變得極度暴躁。為了將噴嚏熊送回山頂的家，克里夫建議繞道而行，但在前進過程中，眾人再次遭到山麓凍原熊的伏擊。混亂中，皮卡丘、水水獺、暖暖豬、牙牙、噴嚏熊與喵喵與小智等人分散，掉進了森林深處。
誤會的真相與糧食危機
與小智分離後的皮卡丘一行人，在喵喵的帶領下試圖自立。水水獺發現了一堆藏在草叢中的樹果，餓壞的眾人以為是無主之物便開始享用。然而，山麓的凍原熊隨即現身，喵喵透過翻譯得知，這些樹果是山麓群體在暴風雨後辛勤收集的僅存糧食。因為暴風雨吹走了大部分的果實，山麓的凍原熊陷入了嚴重的飢荒，牠們誤以為山頂的噴嚏熊是來搶奪食物的「小偷」，這才引發了連串的攻擊。就在談判破裂、雙方即將爆發大戰時，突如其來的落石意外讓情況變得更加危急。
攜手合作與未來的威脅
面對巨大的落石，噴嚏熊與皮卡丘等寶可夢不分彼此，與兩群凍原熊共同使出招式抵擋危機。趕到現場的小智等人也加入戰局，最終成功化解了災難。這場意外讓凍原熊群體之間的誤會冰釋，克里夫承諾會帶領山麓群體前往食物豐富的新家。故事最後，小智一行人告別了噴嚏熊與克里夫，繼續前進。然而在暗處，雷文市的「地下鐵總管」北尚與南廈兄弟察覺到了幽靈列車的異狀，而火箭隊的武藏、小次郎與塞格博士正密謀著讓雷文市陷入混亂的巨大計畫。