古老羽毛化石的甦醒
小智、艾莉絲與天桐在前往雷文市的旅途中，再次遇見了紅豆杉博士與她的好友真菰博士。紅豆杉博士展示了由蘆薈提供的「羽毛化石」，並計畫利用真菰博士研究的「夢之能量」將這具一億年前的古代寶可夢——始祖小鳥復活。在真菰博士的夥伴夢夢蝕提供的能量支援下，復元裝置順利啟動，成功讓長眠已久的始祖小鳥重新降臨於現代。
始祖小鳥的成長與飛行練習
剛復活的始祖小鳥對陌生的現代環境感到極度不安，甚至使出了「龍之波動」威嚇眾人。小智努力展現友好態度並成功安撫了它的情緒。由於始祖小鳥雖然是鳥類寶可夢的祖先，卻並不擅長飛行，天桐製作的料理也不合其胃口。為了幫助它學會飛行，小智派出咕咕鴿、艾莉絲則派出導電飛鼠作為示範，陪伴它進行振翅與滑翔的練習。過程中，始祖小鳥奇特的鳴叫聲與化石中夾帶的古代植物種子產生共鳴，使得研究所周邊迅速長出了古代植物並結出果實，始祖小鳥在食用這些果實後獲得了充足的體力。
進化與火箭隊的惡意襲擊
隨著始祖小鳥持續對古代植物發出共鳴鳴叫，它在光芒中進化成了始祖大鳥，並終於展現出強大的飛行能力。然而，一直潛伏在側的火箭隊三人組趁機入侵，他們不僅遠端盜取了復元裝置的設計數據，還企圖利用電網捕捉始祖大鳥。火箭隊的攻擊引發了火災，威脅到剛長成的古代植物。小智隨即指揮水水獺與石丸子合力滅火，始祖大鳥也發揮進化的強大實力奮力反擊，最終成功擊退了火箭隊。
回歸同伴與時空的奇蹟
戰鬥結束後，天空中傳來了其他始祖大鳥的應和聲。原來在合眾地區的某處，仍存在著古代命脈息息相傳的神祕之地。這隻復活的始祖大鳥在眾人的祝福與「Best Wish」的道別聲中，振翅飛向高空，與遠道而來的同伴們匯合，回歸屬於它的自然世界。這場跨越時空的邂逅，不僅讓紅豆杉博士對寶可夢起源有了新發現，也讓小智一行人見證了古代生命的強韌與神祕。