序幕：與破破袋戰隊的意外相遇
小智、艾莉絲與天桐在前往七寶市尋求第二個道館徽章的途中，突然遭到一群幼兒園小朋友的泥巴球攻擊。這群孩子自稱為「破破袋戰隊」，並與一隻垃圾袋寶可夢——破破袋待在一起。隨後，幼兒園的尤莉老師與她的祖母、同時也是寶可夢培育屋經營者的菊代奶奶出現，向小智一行人致歉。原來這群小朋友在廢料場發現了破破袋並想收養牠，但尤莉老師擔心破破袋會製造垃圾且氣味難聞，堅持要將牠送回原處，導致師生之間產生了嚴重的隔閡。
衝突：秘密基地的對峙
為了保護破破袋，小朋友們利用大量的廢棄金屬與雜物，在校園內搭建了一個巨大的「秘密基地」並躲藏其中。小智因為理解孩子們想與寶可夢做朋友的心情，自告奮勇進入基地嘗試溝通，卻在與孩子們相處後深受感動，發現破破袋不僅陪伴孩子玩耍，還與他們建立了深厚的牽絆。最後，小智決定站在孩子們這一邊，甚至加入了「破破袋戰隊」，與為了帶回孩子而派出四季鹿的尤莉老師展開了一場捍衛秘密基地的寶可夢對戰。
危機：黑眼鱷的亂入與崩塌危機
對戰進行到一半時，先前曾出現過的戴墨鏡黑眼鱷突然闖入基地並發動攻擊。在混亂的戰鬥中，結構不穩的廢鐵基地開始發生大面積崩塌。眼看著尤莉老師與孩子們即將被沉重的廢鐵掩埋，破破袋在危急關頭使出渾身解數，用其招式緩衝了廢料的衝擊，保護了在場的所有人。這一幕讓尤莉老師徹底改觀，深刻體會到破破袋並非只會製造麻煩，而是真心喜愛並保護著孩子們。
結尾：和解與神祕的寶可夢蛋
事件平息後，尤莉老師答應讓破破袋留在幼兒園。菊代奶奶告訴大家，其實只要破破袋與人類建立起深厚的情誼，牠散發出的刺鼻臭味就會自然消失。小智一行人主動留下協助清理廢料基地，而在離別之際，菊代奶奶為了感謝小智對孩子們與破破袋的理解，贈送給他一顆神祕的寶可夢蛋。小智帶著新的夥伴期待與這份珍貴的禮物，再次踏上前往七寶市的旅程。