抵達鈴蘭島與選手登記
小智、小光與小剛終於抵達了神奧聯盟的舉辦地——鈴蘭島。島上擠滿了來自各地的訓練家、媒體與觀光客，熱鬧非凡。小智隨即前往神奇寶貝中心完成參賽登記，並拿到了選手村的房間鑰匙。此時，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵也喬裝打扮成工作人員，企圖趁亂竊取參賽者的寶可夢並獻給坂木老大。
大木博士的支援與老夥伴的回歸
在選手村安頓好後，小智與大木博士取得聯繫。為了在競爭激烈的鈴蘭大會取得好成績，小智決定不只使用在神奧地區收服的夥伴，還要調回以前寄放在研究所的老夥伴組成選拔隊伍。就在傳送寶可夢的過程中，偽裝成工作人員的火箭隊趁機騙走了小智包含老夥伴在內的五顆精靈球。幸好皮卡丘及時使出十萬伏特擊退火箭隊，但精靈球也因此散落在島上的各個角落。
尋回寶可夢與意外的重逢
小智一行人分頭尋找散落的精靈球，並陸續找回了活力十足的龍蝦小兵、愛跳舞的小鋸鱷，以及在餐廳廚房大吃大喝的卡比獸。隨後，小智在森林中偶遇了急躁的阿馴，並順利找到了對小智十分依戀、甚至為了見他而擠進傳送名單的月桂葉。然而，最後一顆精靈球裡的火球鼠卻不見蹤影，此時牠正被火箭隊盯上。
火球鼠進化！火岩鼠的強大力量
火球鼠在森林中遭到火箭隊新型機械的圍攻，小智及時趕到救援。面對火箭隊具備絕緣、防水與防火功能的強力機械，皮卡丘與水系寶可夢的攻擊皆無功而返。在危機關頭，火球鼠爆發出強烈的光芒，進化成了火岩鼠，並學會了威力驚人的招式「噴火」，成功將火箭隊再次擊飛。小智也隨即向大木博士報告了這份進化的驚喜。
神奧聯盟正式開幕與首戰對手
隨著聖火點燃，神奧聯盟鈴蘭大會正式拉開帷幕。神奧地區的冠軍竹蘭也親臨現場觀戰。小智在會場中看見了許多昔日的勁敵與好友，包括尚志、考平、阿馴以及宿敵真司。在大會第一輪的對戰表公布後，小智發現自己的首戰對手竟然是實力強勁的詩人訓練家尚志，小智的神奧聯盟挑戰之旅就此正式開始。