拯救神祕少女米依與受傷的謝米
小智與小光正為了即將到來的道館賽與華麗大賽進行特訓，而小剛則在河邊準備餐點。此時，小剛發現一艘小船正漂往瀑布深潭，他奮不顧身跳入水中救起了船上的少女米依。然而，米依性格冷淡，對救命恩人的態度顯得十分隨意。眾人隨後發現米依隨身攜帶的籃子裡，竟然藏著幻之寶可夢「謝米（陸地形態）」。謝米看起來非常虛弱且不停咳嗽，小剛身為寶可夢培育家的直覺，判斷謝米是吸入了過多汙染毒氣（飯匙蛇的黑霧）導致身體不適。
小剛的悉心照料與謝米的心結
小剛利用他的專業知識，給予謝米「桃桃果」解毒，並餵食「文柚果」幫助其恢復體力，在小剛的細心看護下，謝米終於重拾活力。米依透露她正被一群壞人追趕，必須越過山頭前往神祕的「葛拉西蒂亞花圃」。雖然米依語帶保留，但小智一行人決定保護她與謝米共同前行。原來，追趕米依的正是不死心的火箭隊三人組，他們在昨晚企圖捕捉謝米時受阻，於是連夜追蹤至今。
穿越洞窟與淨化毒粉
在前往花圃的途中，眾人進入了一個充滿野生寶可夢的洞窟。途中遭遇了蘑蘑菇群散布的「毒粉」，謝米見狀立刻施展「種子閃光」淨化汙染的空氣，並使用「芳香治療」治癒了中毒的皮卡丘與波加曼。這讓米依與小智一行人更加深了對謝米的信賴，也看到了謝米為了保護他人而努力的一面。
最後一朵葛拉西蒂亞花與天空形態
當眾人抵達山頂的葛拉西蒂亞花圃時，卻發現花期已過，花圃幾乎全部枯萎，讓米依感到絕望。此時火箭隊駕駛著巨大的「機械綠毛蟲」現身並進化成「機械巴大蝶」展開襲擊。在危急時刻，小剛在岩縫中發現了最後一朵尚未凋零的葛拉西蒂亞花。謝米接觸到花粉後，成功進行「形態變化」轉變為「天空形態」，展現出強大的飛行能力與戰鬥力。最後在謝米的「空氣斬」與小智等人的合力攻擊下，火箭隊再次被打飛。
謝米的花運與溫暖的離別
戰鬥結束後，更多的謝米群體出現在空中，牠們盤旋在僅存的花朵上方，一同變換為天空形態。米依意識到離別的時刻到了，她鼓勵謝米跟隨族群展開「花運」的旅程。在夕陽下，謝米成群飛向遠方。米依向小剛表達了感謝，而小智也隱約聽到了謝米傳來的道謝聲，眾人帶著這份溫暖的回憶，繼續踏上各自的旅程。