訓練中的意外與波加曼的委屈
正在前往濱海市旅行的小智一行人，為了讓圓陸鯊掌握強大的龍屬性招式「流星群」，在途中展開了特訓。然而，圓陸鯊的流星群始終無法成功發射到空中，反而每次都精準地命中在一旁觀看的波加曼。儘管小智不斷道歉，但圓陸鯊毫無悔意的態度，加上小光和小剛等人更專注於圓陸鯊的成長，讓連續受挫的波加曼感到極度委屈與不被重視。波加曼認為大家都在偏袒圓陸鯊，心灰意冷之下決定離家出走，打算獨自回到遙遠的山梨研究所。
火箭隊的偽裝與「寶可夢助人委員會」
火箭隊（武藏、小次郎與喵喵）發現了落單的波加曼，決定利用它受傷的心靈。他們偽裝成「寶可夢助人委員會」，自稱是專門幫助被訓練家忽視或不當對待的寶可夢。波加曼被他們的偽裝所蒙蔽，將心中的苦水全部傾訴給了喵喵。隨後，火箭隊以此為藉口找到小智和小光，義正辭嚴地斥責他們不懂寶可夢細膩的心靈，甚至要求兩人交出所有寶可夢進行「研修」。與此同時，一隻情緒失控的野生超甲狂猿在森林中橫衝直撞，打亂了眾人的對峙，火箭隊趁亂帶走了波加曼，並將隨後跟上的皮卡丘也一併納入陷阱。
揭露真相與波加曼的覺醒
火箭隊在成功困住皮卡丘與波加曼後，終於揭開了偽裝並唸出經典台詞。波加曼此時才意識到自己被騙，感到既憤怒又羞愧。小智、小光和小剛及時趕到現場，雙方展開對戰。面對火箭隊的威脅，波加曼為了保護夥伴並證明自己的實力，展現出強大的戰鬥意志，並在激戰中成功領悟了新招式「水炮」。強大的水流威力驚人，配合小智林龜的攻擊，一舉將火箭隊擊飛，粉碎了他們的陰謀。
重修舊好與未來的挑戰
戰鬥結束後，超甲狂猿的主人也匆忙趕到。原來這隻超甲狂猿也是因為與主人產生誤會而離家出走，現在雙方已冰釋前嫌。看到此情景的小智和小光，再次誠懇地向波加曼道歉，承諾未來會更加關注它的感受並約束圓陸鯊的特訓。波加曼感受到了夥伴們的真心，終於破涕為笑，回歸隊伍。一行人重新團結一致，繼續朝著小智在神奧地區的最後一個挑戰目標——濱海道館前進。