雙強突襲與城鎮危機
小智、小光與小剛在前往朝月鎮的途中，突然遭遇一隻瘋狂飛行的野生自爆磁怪。進入城鎮後，他們發現當地陷入一片混亂，許多寶可夢如大力鱷、卡比獸與月桂葉都莫名遭到襲擊。君莎小姐隨後趕到，說明這隻自爆磁怪正在城鎮中橫衝直撞。不久後，另一隻強大的寶可夢巨金怪也出現在城鎮中，兩者開始展開激烈的衝突，強大的破壞力威脅著整座城鎮的安全。
引導策略與受阻的溝通
為了保護城鎮免於遭受更大的破壞，小智等人先後派出猛火猴、象牙豬與小福蛋試圖介入並阻止戰鬥。雖然小福蛋展現出驚人的力量擋住了巨金怪的衝撞，但兩隻寶可夢依然處於極度興奮且暴躁的狀態。此時，火箭隊原本打算利用喵喵進行溝通並趁機收服這兩隻強大的寶可夢，卻發現它們因受到異常影響而無法冷靜溝通。最後，小智決定利用皮卡丘與帕奇利茲放出的電力吸引它們的注意，成功將自爆磁怪與巨金怪引導回原本居住的山中。
磁場過剩的真相
在山中，眾人遇見了山嶽警備隊的勝造先生，這才得知事情的真相。原來這座山擁有特殊的磁場，自爆磁怪與巨金怪平時會在那裡累積磁力，並在一個特殊的漏斗狀窪地進行類似「撞擊練習」的對戰，藉此釋放體內過剩的磁力。然而，近期的大雨導致該窪地積滿了水，使它們無法進行練習釋放能量，過飽和的磁力才導致它們失控並下山破壞。勝造先生表示，若要解決危機，必須將窪地裡的水排乾，讓它們恢復正常的釋放管道。
齊心協力化解危機
眾人隨後發現河流是被崩落的巨石堵住才導致積水流向窪地。小剛的不良蛙展現精準實力，使用「瓦割」擊碎岩石，讓河流恢復正常流向。為了快速清除窪地原有的積水，小光指揮捲捲耳使用「冷凍光束」將整片積水凍結成巨大冰塊，再由力大無窮的小福蛋將冰塊整塊扛起並丟入谷底。隨著練習場地恢復原狀，自爆磁怪與巨金怪終於能回到原本的地方進行對戰，將體內堆積的磁力盡情釋放。城鎮恢復了和平，小智一行人也帶著成功的喜悅，繼續朝著小光的華麗大賽地點前進。