前往水蓮競技場與火箭隊的襲擊
在寶可夢華麗大賽水蓮大會結束後，小智、小光與小剛陪伴著來自城都地區的琴音與一成，來到了郊外的「水蓮競技場」。這座遺蹟傳聞是神奧地區歷代冠軍鍛鍊心志與技藝的聖地。眾人在帝牙盧卡與帕路奇亞的石像前祈禱，希望能實現各自的夢想。然而，火箭隊突然駕駛著龍王蠍造型的機械現身，趁亂抓走了皮卡丘與波加曼。雖然小智派出猛火猴追擊，但火箭隊利用分身誘敵與河川地形逃脫，讓眾人一度失去目標。
名偵探一成的推裡與救援行動
面對分叉的河道，大家正為火箭隊的逃跑方向苦惱時，一成展現了他敏銳的觀察力。他發現河邊的野生寶可夢都使用「挖洞」絕招避難，推斷出火箭隊的機械正往上游移動，擾亂了生態。眾人根據這項推論成功在上游找到了火箭隊。小智派出姆克鷹從空中破壞了籠子，成功救回皮卡丘與波加曼。最後在皮卡丘的十萬伏特與波加曼的泡沫光線合力下，再次將火箭隊擊飛到遠方。
激烈的雙打對戰：進化與勝負
救回寶可夢後，期待已久的雙打對戰正式開始。由小智的猛火猴與小光的火球鼠，對抗琴音的菊草葉與一成的小鋸鱷。琴音展現了老練的戰略，利用菊草葉的「光牆」大幅減輕火屬性招式的傷害，並配合小鋸鱷發動反擊。在戰鬥進入白熱化時，一成的小鋸鱷在小智與小光的強大壓力下激發潛能，成功進化成了藍鱷，並學會了威力強大的「水炮」。雖然藍鱷進化後戰力大增，但小智與小光憑藉著優異的默契，最終由猛火猴與火球鼠聯手使出火屬性連擊，成功擊敗了對手，贏得了這場比賽。
告別神奧，新的旅程開始
對戰結束後，一成與琴音即將搭乘飛行船返回城都地區。經過這段時間的相處，琴音決定邀請一成在回到城都後一起旅行，共同磨練實力。一成的父親為了感謝小智一行人對兒子的照顧，贈送了寶可夢齒輪作為謝禮。最後，小智等人目送著飛行船離去，琴音與一成帶著豐富的經驗回到故鄉，而小智一行人也再次邁開腳步，朝著下一個道館所在地濱海市前進。