火箭隊的陷阱與神祕波克比的出現
小智、小光和小剛在前往水蓮鎮參加寶可夢華麗大賽的途中，偶遇了一座巨大的「訓練家之塔」。受邀進入後，眾人才發現這竟然是火箭隊利用在雙葉祭打工賺來的錢所建造的秘密基地，目的是為了誘捕皮卡丘。小智一行人被關進了地底牢房，而火箭隊則在上方慶祝基地的落成。然而，慶祝活動很快就被打破，一隻神情邪惡的波克比突然出現，大肆破壞火箭隊儲存的糧食並捉弄他們。
邪惡波克比的惡作劇與操控
這隻波克比個性極其惡劣，牠利用「替身」招式分身，一邊假裝成可憐的受害者騙取武藏的同情，另一邊則暗中破壞小次郎珍貴的瓶蓋收藏與喵喵的坂木老大雕像。隨後，牠又假裝引導小智一行人脫逃，實則將他們引入陷阱，讓他們不斷在牢房與落穴之間循環。這隻波克比更展現了強大的「誘惑」招式，控制了皮卡丘、波加曼、喵喵、不良蛙與梅卡陽瑪，使牠們聽從指揮，啟動了基地內隱藏的「超次元最終系統」。
基地的驚人變身與太空危機
在波克比的操控下，整座秘密基地竟然變成了一枚巨大的火箭發射升空，直衝大氣層外的宇宙空間。在太空中，火箭遭遇到傳說中的寶可夢烈空坐，烈空坐因受到干擾而發動「破壞死光」攻擊火箭。強大的衝擊力導致火箭系統受損，但也意外解除了波克比對寶可夢們的控制。隨著火箭失去動力並開始急速墜入大氣層，眾人面臨粉身碎骨的生命威脅。
被迫聯手與化險為夷
在墜落的生死關頭，小智一行人與火箭隊被迫聯手展開救難行動。小智指揮皮卡丘擔任動力源，小光讓捲捲耳使用「冷凍光束」為因摩擦生熱的機體降溫，並利用波加曼與林龜的招式產生反作用力來穩定機身。雖然小次郎憑藉著兒時玩火箭的經驗進行緊急操控，但最後仍需依賴波克比在關鍵時刻施展強大的「精神強念」才讓火箭平安降落。事後，波克比在嘲笑眾人一番後悠然離去，火箭隊依舊落得失敗的下場，而小智一行人則帶著對這隻特別波克比的深刻印象，繼續前往下一個目的地。