神奧寶可夢全能競技賽的誘惑
小智、小光與小剛在旅行途中，透過電視看到大受歡迎的節目「神奧寶可夢全能競技賽」，對其中需要人類與寶可夢默契配合的關卡深感興趣。隨後，他們來到辛美鎮，發現當地正巧在舉辦該節目的招募活動，便決定報名參加。然而，這場活動其實是火箭隊的武藏、小次郎與喵喵精心策劃的騙局。他們偽裝成節目的工作人員與導演，目的是想藉由高難度的關卡測試，篩選出體育神經發達、能克服逆境的優秀人才，誘騙他們加入火箭隊成為部下，並同時在現場設立「寶可夢放鬆室」，引誘參賽者交出精靈球以竊取寶可夢。
關卡挑戰與身分暴露
比賽開始後，小智與小光展現出絕佳的平衡感與默契，帶著皮卡丘與波加曼順利通過了旋轉圓木與水上滾筒等嚴苛關卡，而小剛則在第一關不幸落水出局。在挑戰過程中，兩位實力驚人的參賽者「阿次」與「千潮」表現最為突出，他們以極高的運動能力與默契震撼全場。此時，地方電視台「神奧現在！」的記者尤嘉也帶著攝影團隊來到現場採訪。就在火箭隊打算收網偷走所有精靈球時，卻意外發現收藏箱早已空無一物。在驚訝與混亂中，火箭隊三人組不經意地唸出了經典台詞，導致他們偽裝的身分在鏡頭前徹底曝光。
真正的竊賊與君莎小姐的行動
真相大白後，原來阿次與千潮並非普通的參賽者，而是專門潛入各大寶可夢活動並趁機偷竊參賽者寶可夢的職業竊賊集團，連火箭隊準備偷走的精靈球也被他們捷足先登。更令人震驚的是，現場另一名實力派選手竟然是為了追捕這兩人而變裝潛入的君莎小姐。阿次與千潮帶著得手的寶可夢企圖逃跑，並嘲笑火箭隊是「跟不上時代、名字老土」的小賊。這番言論徹底激怒了自詡擁有「邪惡浪漫」的火箭隊，武藏派出梅卡陽瑪與對方的素利拍、貓鼬斬展開激戰，卻因實力差距而被擊退。
奪回寶可夢與旅程的終點
關鍵時刻，小智、小光與君莎小姐聯手反擊。君莎小姐命令她的卡蒂狗使出火焰牙與めざめるパワー（覺醒力量）纏住對手，小智則派出泳圈鼬並命令皮卡丘使出十萬伏特與鐵尾給予致命一擊。最終，阿次與千潮被打敗並落入君莎小姐手中，所有被盜取的精靈球也都物歸原主。雖然這是一場偽造的競技賽，但小智一行人成功協助破案並保護了大家的寶可夢。在向記者尤嘉與君莎小姐告別後，小智等人繼續踏上旅程，朝著小光下一個挑戰地——茉莉鎮前進。