神殿的危機與傳說的覺醒
在小智獲得切鋒道館徽章後，神代與助手宗太郎、神殿巫女美琴傳來緊急消息，指出切鋒神殿遭到神祕集團圍捕。小智一行人隨神代搭乘對戰金字塔趕往現場。美琴向大家講述了古老的傳說：遠古時期，火山爆發威脅切鋒市，雷吉奇卡斯與雷吉洛克、雷吉艾斯、雷吉斯奇魯現身鎮壓，隨後雷吉奇卡斯進入沉睡，三神柱則化為岩石、冰、鋼鐵之柱守護著祂。
獵人J的野心與破壞
眾人抵達後，發現襲擊者竟是專門捕獲寶可夢進行黑市交易的獵人J。她受委託人之命，強行使用暴飛龍破壞了守護雷吉奇卡斯的三根石柱。儘管神代試圖阻止，但在獵人J的肆意妄為下，憤怒的雷吉奇卡斯從長眠中覺醒。由於是被強行喚醒，雷吉奇卡斯陷入暴走狀態，不分青紅皂白地對周遭發動強力攻擊，連帶神殿也開始崩塌，火箭隊也在此混亂中被擊飛。
神代的犧牲與平息憤怒
為了阻止暴走的雷吉奇卡斯，神代派出了自己的雷吉洛克、雷吉艾斯與雷吉斯奇魯進行戰鬥，試圖以此平息對方的怒火。然而，獵人J在一旁虎視眈眈，企圖利用神代消耗雷吉奇卡斯體力的機會發射石化射線進行捕捉。在危急時刻，神代為了保護雷吉奇卡斯，不惜挺身而出，與自己的三隻寶可夢一同被獵人J的裝置石化。見到人類與同族為了守護自己而不惜犧牲，雷吉奇卡斯的憤怒終於平息。
奇蹟的恢復與守護的決心
此時，獵人J的委託人因事態鬧大感到恐懼而取消委託，獵人J隨即撤退。巫女美琴向恢復冷靜的雷吉奇卡斯真誠祈禱，希望祂能救助守護祂的神代等人。雷吉奇卡斯感應到眾人的誠意，使用「覺醒力量」解除了神代與寶可夢們的石化狀態。最後，神代決定留在切鋒神殿協助重建，並讓自己的雷吉洛克、雷吉艾斯、雷吉斯奇魯再度化為守護柱，守護雷吉奇卡斯不被打擾的長眠。小智一行人告別神代後，繼續向著下一個目的地前進。