意外的相遇與「野性」的君莎小姐
在前往切鋒市的旅途中，小智一行人正為各自的目標努力——小光剛獲得第四枚緞帶勳章，正憧憬著華麗大型慶典；小智則只剩兩枚徽章就能挑戰神奧聯盟。此時，火箭隊三人組偽裝成電視台工作人員企圖搶奪皮卡丘。就在混亂之際，一位騎著摩托車的君莎小姐帥氣登場並救下皮卡丘。這名君莎小姐自稱「野性君莎」，與一隻聒噪鳥搭檔，她以強硬的辦案風格聞名。她將常與火箭隊接觸的小智列為「重要參考人」帶回調查，卻因辦案過於衝動（將孩子當成誘餌）而遭到警察署長的訓斥。
拍檔的牽絆與突發的誘捕事件
君莎小姐為表歉意請大家吃飯，期間城市發生銀行強盜案。君莎小姐展示了她獨特的戰鬥方式——將特製保齡球作為武器精準打擊犯罪者，並配合聒噪鳥的「羽毛舞」削弱敵人體力，成功逮捕強盜。然而，火箭隊再度現身襲擊，雖然皮卡丘平安無事，但君莎小姐最重要的拍檔「聒噪鳥」卻在混亂中被火箭隊誤認成皮卡丘抓走。君莎小姐對此感到萬分自責，並向小智等人分享了她與聒噪鳥相遇並成為「最佳拍檔」的往事。
保齡球機甲大戰！奪回聒噪鳥
靠著小智的姆克鳥在空中的搜尋，眾人找到了火箭隊的藏身處。此時，火箭隊駕駛著由「七轉八起協會」協助開發、絕對不會倒下的保齡球瓶型巨大機甲。面對小智皮卡丘的鐵尾與小光波加曼的潮旋攻擊，這台機甲依然能穩住重心。關鍵時刻，君莎小姐使出「隱藏球」策略，趁隙讓聒噪鳥脫困。聒噪鳥隨後展現強大戰力，以「鋼翼」擊碎機甲，將火箭隊再次擊飛到遠方。
新的任務與未來的旅程
事件解決後，君莎小姐收到了新的轉調命令，即將前往漩渦列島繼續追蹤火箭隊。雖然相處時間短暫，但小智一行人對這位風格獨特的君莎小姐留下了深刻印象。在互相道別與祝福後，君莎小姐與聒噪鳥踏上新的緝捕之路，而小智、小光與小剛也重新整裝，繼續向著切鋒市的道館挑戰邁進。