火箭隊的詭計與意外的分離
小智、小光與小剛在離開鋼鐵島後，正搭乘船隻前往下一個寶可夢華麗大賽的地點——木通鎮。然而在航行途中，火箭隊的武藏偽裝成一名尋找走失寶可夢的富家千金，成功誘騙並帶走了皮卡丘與波加曼。儘管小智發現後立即派出泳圈鼬追趕，但船隻卻意外捲入了強大的海流之中，皮卡丘、波加曼與火箭隊一行人因此在混亂中失蹤。
漂流至神祕的無人島
皮卡丘與波加曼醒來後，發現自己漂流到了一座神祕的無人島。牠們在尋找食物與水源的過程中，遇到了一隻友善的龍蝦小兵以及一群小球飛魚。與此同時，小智被君莎小姐救起，並得知這片海域被稱為「魔之海」。由於島嶼周圍的隕石岩石會發出神祕的能量干擾計器，使得一般船隻難以靠近。小智非常擔心夥伴的安危，隨即派出姆克鳥與泳圈鼬在該海域展開大範圍搜尋。
代歐奇希斯的現身與能量危機
在無人島上，皮卡丘與波加曼發現了隕石核心中隱藏著神祕的生命反應。就在此時，火箭隊再次現身試圖捕捉皮卡丘，卻激怒了正在利用隕石能量進行自我修復的傳說中寶可夢——代歐奇希斯。代歐奇希斯因為受到干擾而引發了強大的磁場，導致整座島嶼產生劇烈震盪，並讓前來捕捉牠的火箭隊再次被打飛到天際。
心靈相通的極光之夜
小智一行人循著能量反應終於抵達島嶼。在混亂中，皮卡丘與波加曼展現了勇氣，與島上的寶可夢們共同對抗混亂的磁場，並守護著代歐奇希斯。代歐奇希斯在恢復能量後，展現出溫和的本性，並在天空中製造出壯麗無比的極光作為感謝。最終，皮卡丘與波加曼回到了小智身邊，眾人目送代歐奇希斯飛向天空。這場奇幻的漂流冒險圓滿結束，小智一行人也再次踏上了前往木通鎮的旅程。