受阻的航程與意外的失竊
小智在水脈道館贏得第六枚徽章後，與小光、小剛來到港口，準備搭船前往下一個目的地木通鎮。然而，由於大批吼鯨王聚集在港口不願離開，導致所有航線停駛。就在眾人於岸邊休息用餐時，一隻勒克貓帶領著咕妞妞突然出現，搶走了小智他們的寶可夢食物。小智與皮卡丘在追趕過程中，意外掉進了城市的地下水道，並與小光等人走散。
地下水道的秘密與受困的吼吼鯨
在地下水道中，小智發現勒克貓搶奪食物並非為了自己，而是為了餵養一隻受困在此的吼吼鯨。這隻吼吼鯨因為不小心從排水管掉入地下水道，導致身體虛弱且無法自行脫困。勒克貓身為地下水道寶可夢們的領導者，一直默默守護著這隻迷路的吼吼鯨。小智深受感動，決定與皮卡丘、泳圈鼬以及當地的寶可夢們合作，一起幫助吼吼鯨回到大海。
團結一致的救援行動
小智制定了一個完善的救援計畫：首先讓海豹球使用冷凍光線將水路結冰做成大型滑梯，再利用家具做成雪橇載著吼吼鯨。在泳圈鼬和海豹球的推動，以及皮卡丘與勒克貓使用鐵尾加速的配合下，吼吼鯨成功跨越了高牆障礙。與此同時，小光與小剛也透過象牙豬的力量打開人孔蓋，成功與小智會合。雖然中途遇到了具有強烈領域意識的巨沼怪阻攔，但小智派出了樹林龜應戰，化解了危機。
進化的驚喜與最後的障礙
當眾人終於將吼吼鯨送到出口時，沒想到吼吼鯨竟然在此時進化成了體型巨大的吼鯨王，導致牠卡在運河的開闔式橋樑下方無法通過。由於橋樑的動力系統需要電力驅動，且原本的鑰匙遺失，皮卡丘與小光的帕奇利茲決定共同出力，利用電擊強行驅動橋樑機構。原本懷有敵意的巨沼怪也被眾人的誠意打動，主動發揮其怪力協助推動橋樑，最終讓橋樑成功升起。
重返大海與新的旅程
在大家的合力幫助下，進化的吼鯨王終於游出了地下水道，與港口等待的吼鯨王群會合，原來那些吼鯨王正是為了尋找同伴才聚集在港口。隨著吼鯨王群平安游向深海，港口的航道也恢復了正常。小智與勒克貓以及當地的寶可夢們道別，承諾不會忘記這段特別的友誼，隨後與夥伴們繼續踏上前往下一個華麗大賽的旅程。