前往水脈道館與惡夢的開端
小智、小光與小剛一行人抵達了水脈市，目標是挑戰水脈道館以獲得第六枚徽章。然而，當他們到達道館時，卻發現道館內空無一人，只有一名道館弟子因為陷入可怕的惡夢而驚醒尖叫。經過詢問，得知地圖上標示的繁華街道空無一人，是因為居民們近期都遭受不明惡夢困擾，導致許多人逃離了這座島嶼。此外，道館訓練家東鋼目前正在鋼鐵島進行修行，暫時不在館內。
火箭隊的陰謀與虛假的新月之羽
眾人遇到疲憊不堪的君莎小姐，得知這座城市每到特定時期，幻之寶可夢達克萊伊就會現身並帶來惡夢，通常需要滿月島的克雷色利亞以其神秘力量及「新月之羽」來化解。然而今年並非達克萊伊出現的季節，克雷色利亞也遲遲未現身。小剛隨後發現君莎小姐買到的「新月之羽」竟是火箭隊偽裝的贗品，原來火箭隊製造了一台惡夢產生機器，故意讓全鎮陷入惡夢，再藉機高價販售假羽毛。小智等人迅速拆穿火箭隊的陰謀，並由皮卡丘將機器與火箭隊一併擊飛。
前往滿月島尋找救星
雖然摧毀了火箭隊的機器，但當晚小智一行人與君莎小姐仍同時陷入了恐怖的惡夢，這顯示真正的達克萊伊確實已經來到了水脈市。為了拯救城市，眾人決定搭乘噴射船前往滿月島請求克雷色利亞的協助。在島上的山崖上，小光利用小山豬敏銳的嗅覺引路，順利找到了克雷色利亞的祠堂。此時，火箭隊再度現身企圖捕捉傳說中的寶可夢。
小山豬進化與事件的真相
在與火箭隊的激戰中，小光的小山豬為了保護大家，奮不顧身地衝向火箭隊的機器，並在此過程中成功進化為長毛豬，展現強大實力將火箭隊再次擊退。隨後，感受到危機的克雷色利亞現身，並飛往水脈市。原來，達克萊伊之所以提前現身，是因為被火箭隊惡夢機器的特殊電波吸引而來。在水脈市上空，克雷色利亞與達克萊伊展開對峙，克雷色利亞散發出神聖的閃耀光芒，成功驅散了惡夢的陰影。達克萊伊隨後遁入暗影消失，城市終於恢復了平靜。在安穩的夜色中，小智也決定開始為了明天的道館賽展開特訓。