希羅娜的冠軍衛冕戰與小智的特訓
故事開端，小智、小光與小剛在寶可夢中心觀看神奧地區冠軍希羅娜的衛冕戰。希羅娜對上四天王之一的阿柳，展現了壓倒性的實力。即便阿柳派出了龍王蠍與狩獵鳳蝶，希羅娜仍憑藉著烈咬陸鯊與海兔獸的強大戰鬥力，輕鬆守住冠軍寶座。與此同時，宿敵真司也出現在現場，並對小智如何處理小火焰猴的「猛火」特性表示關心。小智強調自己不會依賴那種無法控制的力量，而是要發展屬於自己的戰鬥風格。為了應對緣之道館館主梅麗莎的催眠術，小智帶領寶可夢們展開特訓，試圖以力量正面突破對手的攻擊。
真司的執著與兄弟間的過往
在特訓期間，小剛與真司進行了短暫的交談。小剛提到他在帷幕市見過真司的哥哥雷嗣，並了解到雷嗣曾是位優秀的訓練家，卻在挑戰對戰開拓區失敗後選擇放棄，轉而成為培育家。真司對此感到憤恨，認為哥哥的作風過於軟弱，因此他立志要走出一條與哥哥完全不同的道路，追求極致的力量。隨後，真司向小智發起挑戰，小智派出草苗龜迎戰真司的烏鴉頭頭。
草苗龜的進化與失去的速度
在與烏鴉頭頭的激烈對戰中，草苗龜處於屬性劣勢，但牠憑藉著堅強的意志力在戰鬥中進化成了樹林龜。然而，進化後的樹林龜體型大幅增加，體重變成了進化前的十倍，這導致牠失去了原本引以為傲的速度，甚至在嘗試躲避攻擊時因重心不穩而跌倒。烏鴉頭頭趁機以「神鳥猛擊」和「惡之波動」擊敗了樹林龜。真司冷酷地批評小智完全不了解進化後的寶可夢特性，只會盲目追求熱血與信任，認為這樣的訓練方式根本無法獲勝。
土台龜的指點與全新的戰鬥方式
戰敗後的樹林龜陷入深深的沮喪，半夜獨自在森林中練習，試圖找回失去的速度，卻反覆失敗。這時，真司的土台龜突然出現，並示意小智的寶可夢們一起過來。土台龜主動要求小智的隊伍對其發動攻擊，展示了即便不閃避，也能利用厚實的身體承擔傷害，並在瞬間抓住對手破綻反擊的重量級戰鬥風格。小智領悟到樹林龜不應該再追求速度，而是要轉型為陣地防禦型的戰士。在土台龜的指導下，小智與樹林龜重拾信心，決定共同摸索全新的戰鬥方式，為即將到來的緣之道館賽做準備。