金剛寶珠搶奪事件
故事開頭，神奧地區發生了一起震驚社會的案件。由君莎小姐押送、正從百代市博物館移往神和鎮歷史研究所的傳說寶物「金剛寶珠」，在運送途中遭到神祕組織「銀河隊」的襲擊。銀河隊幹部薩圖恩率領毒骷蛙強行登機，並在不造成人員傷亡的情況下成功奪走了金剛寶珠，其目的似乎與神奧地區的傳說力量有關。
小智的特訓與重逢
另一方面，剛結束華麗大賽的小智一行人正留在神和鎮的寶可夢中心進行特訓。小智為了對付緣道館館主梅麗莎的催眠術，從前一天小光的華麗大賽中得到靈感，正帶領著皮卡丘與泳氣鼬開發結合攻擊與防禦的「迴轉」戰術。此時，眾人從電視新聞中得知金剛寶珠被奪的消息，並意外得知神奧地區的冠軍希羅娜也回到了故鄉神和鎮，目前正在她祖母芥子蘭博士所主持的歷史研究所中。
神和鎮歷史研究所的交集
小智一行人前往研究所拜訪希羅娜，並認識了性格爽朗的芥子蘭博士。在那裡，他們還遇見了神奧財界的知名人士赤日，赤日表面上是以研究者與贊助者的身份在此關心另一件傳說寶物「白玉寶珠」的安全。在參觀過程中，小智與小光提到他們曾在心齊湖與力士湖見過如幻影般的寶可夢，希羅娜驚訝地發現他們見過的正是湖之眾神——艾姆利多與亞克諾姆。赤日對此表現出極大的興趣，並提議讓小智兩人親眼觀察白玉寶珠，希望能產生某種感應。
銀河隊的總攻擊
就在眾人進入保存庫觀察白玉寶珠時，銀河隊發動了預謀已久的「神和計畫」。他們先在神和遺跡製造大爆炸以分散警衛體力，隨後利用駭客技術癱瘓了研究所的保全系統。銀河隊幹部夥星與薩圖恩兵分兩路包圍了保存庫。儘管希羅娜展現出冠軍的實力，指揮烈咬陸鯊瞬間擊潰銀河隊的催眠攻勢，但狡猾的銀河隊早已部署了大量人馬。同時，小剛的不良蛙也感應到了宿敵毒骷蛙的氣息，兩者在走廊展開激烈對峙。面對銀河隊海陸空式的全面封鎖，小智一行人陷入了白玉寶珠保衛戰的絕體絕命危機之中。