幽靈寶可夢的試膽大會
寶可夢夏令營進入第五天，山梨博士宣布了當天的課程內容：學習與幽靈屬性寶可夢的正確相處方式。這場課程以「試膽大會」的形式進行，學生們需兩人一組，前往山頂的遺跡領取獎牌並返回校園。小智與小葵組成搭檔，小剛則帶領害怕黑暗的觀月，而小光則與健介同行。然而，在分組過程中，出現了一位不屬於夏令營的神祕小女孩，並與考平組成了一組。
黑夜魔靈的現身與靈界之謎
活動開始後，各組在前往遺跡的途中遇到了耿鬼、鬼斯通等寶可夢的惡作劇。此時，夏令營助手發現青組的人數異常，竟然多出了一人。另一方面，考平被神祕女孩帶往偏僻路徑，隨後遭到黑夜魔靈的攻擊而昏迷。小光及時發現並救下考平，但神祕女孩卻消失無蹤。山梨博士提到，遺跡修復時曾發現疑似通往「靈界」的入口，而黑夜魔靈被傳聞是會將人帶往靈界的使者。
遺跡前的危機與真正的救星
小智與小葵率先抵達遺跡並取得獎牌，此時神祕女孩再次現身，試圖將他們誘入靈界入口。黑夜魔靈趕到並發動攻擊，小智與小葵誤以為黑夜魔靈是敵人，命令皮卡丘與小貓怪進行反擊。然而，神祕女孩突然現出猙獰的原形，施展強大的吸力想將小智與小葵拖入地洞。在這千鈞一髮之際，黑夜魔靈挺身而出，以其強大的力量抵擋吸力並救下兩人，最終將靈界入口封印。原來，黑夜魔靈一直是為了阻止女孩作惡並守護生者不被帶往靈界的守護者。
結尾與最終課程的預告
次日清晨，山梨博士對眾人在危機中的表現表示讚賞，並給予所有參與的組別積分獎勵。考平對於自己曾與幽靈搭檔的事感到後怕不已。隨著夏令營接近尾聲，赤組與青組的積分競爭也進入白熱化階段。眾人開始積極準備最後一天的重頭戲——寶可夢鐵人三項大賽，準備迎接最後的勝負。