火場中的救援與潛入
故事延續上集，寶可夢獵人J為了阻礙追擊並抓捕利歐路，命令暴飛龍縱火燒毀森林。頂尖啟動員創一展現高超技術，利用捕獵遊標捕獲多隻水箭龜，並施展「求雨」成功撲滅山火。與此同時，小智在小火焰猴使用「挖洞」技能的保護下平安無事，並趁亂潛入了獵人J的飛船，希望能直接救出利歐路。
小智的危機與波導的共鳴
在飛船內，獵人J正與神祕的委託人進行交易確認。小智雖然找到了被石化裝置固定的利歐路，卻被獵人J識破行蹤。獵人J派出龍王蠍將小智與皮卡丘制服，並冷酷地將他們從高空的飛船上扔下。幸虧創一及時指揮姆克鷹在空中救下小智，才避免了悲劇。雖然獵人J成功逃離，但小智與利歐路之間建立的強大信任，讓他們的「波導」產生共鳴。透過這股波導的連結，小智成功感應到了利歐路的位置，引領眾人前往委託人的藏身處。
最終決戰與波導彈的覺醒
獵人J將利歐路交給委託人後便先行撤退。委託人企圖帶著利歐路逃亡，但小智與創一隨即趕到。小光、小剛以及啟動員日向負責對付委託人的私兵部隊，而小智則直面委託人及其強大的波士可多拉。戰鬥中，利歐路雖然仍處於被石化控制的狀態，但牠透過波導將自己的心情傳達給小智。在小智的守護與引導下，皮卡丘以強大的「伏特攻擊」擊敗了波士可多拉，成功從委託人手中奪回利歐路。
重返故鄉與道別
最終，君莎小姐與巡邏隊趕到，將委託人及其部下全部逮捕歸案，森林的威脅徹底解除。利歐路終於獲得自由，並重新展現出能發射強大「波導彈」的姿態。在培育屋的老奶奶以及啟動員們的保護下，利歐路即將啟程回到原本的王國。臨行前，利歐路再次透過波導向小智傳達了「謝謝」的心意，小智也與利歐路約定永遠不會忘記彼此。這場關於勇氣與波導的冒險告一段落，小智一行人再次踏上旅程。