利歐路的逃亡與命運的相遇
故事開端，一隻被稱為「RX-1」的利歐路從某個研究設施中逃脫。這隻利歐路非比尋常，竟然能使用進化後路卡利歐才能習得的強力招式「波導彈」。在逃亡過程中，利歐路雖然暫時擺脫了追捕者的私兵，卻也身受重傷。此時，正前往下一個目的地的小智、小光與小剛三人，在山岳地帶發現了倒在地上的利歐路。小智試圖靠近關心，卻因利歐路對人類充滿戒心而遭到波導彈攻擊。
頂級保育家創一登場
正當小智等人不知所措時，一名少年出現並接手處理，他正是頂級寶可夢保育家——創一。緊接著，寶可夢獵人J的部下帶著叉字蝠現身，企圖強行帶走利歐路。創一展現了高超的保育家技術，利用捕獵游標先後捕捉了阿利多斯與土居忍士，成功擊退了獵人部下並救出陷入困境的小智與利歐路。小剛認出創一所使用的是性能更強大的「大師游標」，足見其頂級保育家的身份。
波導的共鳴與悲慘的過去
在暫時安全的河邊，創一向小智一行人說明了任務內容：這隻利歐路來自某個王國，是被選中繼承波導並保護王室的特殊個體。牠在培育屋被細心照料時，卻遭到不法集團擄走作為研究材料。創一將培育屋老人託付的利歐路木雕玩偶交還給牠，這份溫暖觸動了利歐路。小智透過自身的波導與利歐路產生共鳴，感知到了利歐路被奪走時的痛苦記憶與恐懼。小智向利歐路承諾，絕對會保護牠回到故鄉。
獵人J的侵襲與迫近的危機
然而，威脅並未結束。寶可夢獵人J的巨型飛船抵達現場，並派出多隻巨牙鯊在河中發動突擊。創一為了掩護大家，捕捉了浮潛鼬展開反擊。在混亂的戰鬥中，小智帶著利歐路與大家失散，並遭到獵人J親自率領暴飛龍截擊。面對實力強大的獵人J與其無情的焦土攻擊，小智與利歐路陷入了絕境。這場關乎波導繼承者的爭奪戰，將在危急的情況下進入後半部。