帷幕市的象徵與隕石的傳說
在帷幕道館的激烈對戰後，小智與館主阿李握手言和，並順利獲得了鋪路徽章。在離開帷幕市之前，雷司帶著小智一行人前往參觀城市最著名的象徵——位於公園內的巨大隕石群。雷司解釋，帷幕市這座城市最初是圍繞著這些在大古時代落下的隕石而建立的，這些隕石也被當地居民視為守護神，長久以來守護著這片土地。正當眾人感嘆宇宙的神祕時，銀河隊的幹部薩坦已悄然率領部下抵達帷幕市支部，準備執行奪取隕石的祕密計劃。
銀河隊的行動與全市癱瘓
銀河隊利用從百代市奪取的「槍之鑰」與公園裡的隕石產生共鳴，並啟動了強大的電磁波干擾裝置。這股不明的能量瞬間籠罩整個帷幕市，導致通訊中斷、雷達失效，甚至連寶可夢中心的精密醫療儀器也陷入停擺，嚴重影響了寶可夢的治療。阿李的路卡利歐敏銳地察覺到大氣中「波導」的異常，與阿李、小智等人一同趕往公園。與此同時，試圖偷竊隕石的火箭隊三人組也與銀河隊正面衝突，卻被薩坦那強大的寶可夢毒骷蛙輕鬆擊潰。
不良蛙的宿命對決與團隊協作
小智一行人趕到現場後，君莎小姐也揭露了這群神祕組織的真實身份為「銀河隊」。薩坦宣稱為了創造「新世界」，必須回收這些具有特殊能量的隕石。戰鬥一觸即發，小剛的不良蛙在見到薩坦的毒骷蛙後，展現出前所未有的鬥志，兩隻寶可夢展開了充滿火藥味的宿命對決。面對銀河隊派出的大量大嘴蝠干擾，雷司派出了正要送還給真司的電擊獸，與小智的皮卡丘展現了絕妙的電系組合技。小光則配合阿李的路卡利歐與波加曼，發揮華麗大賽中所磨練出的技巧，成功破壞了銀河隊用來搬運隕石的吊車機械。
暫時的平靜與新的旅程
雖然銀河隊在眾人的努力下被迫撤退，並放棄了原本打算回收的所有隕石，但薩坦在撤離時表示回收到的能量已足以製作「紅色鎖鏈」，並將下一個目標轉向神奧地區的三座湖泊。事件平息後，帷幕市的功能恢復正常。小智決定聽從喬伊小姐的建議，前往下一站濕地市挑戰道館。在與阿李、雷司道別後，小智一行人帶著對銀河隊神祕計劃的疑慮，再次踏上旅程，而神奧時空傳說的齒輪也在此刻開始正式轉動。