沙漠地帶的意外遭遇
小智、小光與小剛在前往下一個道館所在地——帷幕市的旅程中，來到了一片宛如沙漠的廣大砂地。正當小智放出所有寶可夢在砂地上玩耍時，巨大的「重量級寶可夢」河馬獸突然破砂而出。在混亂之中，小光的帕奇利茲不小心掉進了河馬獸身體側面用來噴砂的孔洞裡，隨後河馬獸便帶著帕奇利茲潛入砂中消失不見。焦急的小智一行人在尋找過程中，再次遇見了先前曾經幫助過的沙河馬，並發現牠正是在尋找失散的河馬獸同伴。
火箭隊的內部競爭與亂鬥
原本盤算著要捕捉河馬獸向老大邀功的武藏、小次郎與喵喵，在行動時意外遇見了火箭隊的另一對拍檔——亞瑪多與小三郎。亞瑪多組表示他們是奉南波博士之命來捕捉河馬獸進行研究，並且擁有由組織提供的高科技新型機械。這讓一直以來靠「自費」製作機械的武藏組感到非常嫉妒，兩組火箭隊為了爭奪河馬獸與組織中的地位，在砂地上展開了一場混亂的機械大戰，完全無視小智一行人拯救帕奇利茲的請求。
聯手反擊與平安團圓
兩組火箭隊的惡鬥讓河馬獸陷入困境，帕奇利茲也受困於其體內無法脫身。面對亞瑪多與小三郎性能卓越的機械，武藏組雖然處於劣勢但仍不甘示弱地反擊。最終，憤怒的河馬獸使出了威力強大的「破壞光線」，配合沙河馬發動的「沙暴」攻擊，成功將兩組火箭隊全部擊飛。在混亂平息後，帕奇利茲平安地從孔洞中出來回到小光身邊，沙河馬也順利與河馬獸團聚。小智一行人向這兩位砂中的朋友告別，繼續朝著帷幕道館前進。