意外解開的封印
小智與小光為了磨練彼此交換後的搭檔——泳圈鼬與長尾怪手，在旅行途中展開了一場精彩的練習賽。然而，雙方招式碰撞產生的強烈衝擊，意外擊中了路邊古老的建築「御靈之塔」。隨著塔身的損毀，被封印在「要石」中長達五百年的邪惡寶可夢——花岩怪被釋放了出來。花岩怪帶著巨大的怨氣，一現身便對小智一行人發動攻擊，隨後消失在濃霧之中。
古老的封印傳說
村莊的老婆婆隨後向眾人解釋了關於花岩怪的古老傳說。五百年前，花岩怪在村中到處作惡，讓村民們苦不堪言。當時有一位帶著皮卡丘的「波導使者」現身，與花岩怪展開激鬥並成功將其封印在石塔內。老婆婆驚訝地發現，當年封印花岩怪的是帶著皮卡丘的波導使者，而如今意外解開其封印的竟然也是帶著皮卡丘的小智。與此同時，火箭隊三人組偽裝成靈媒師與助手，企圖利用這次混亂同時奪取皮卡丘與花岩怪，卻反遭憤怒的花岩怪追擊。
誘敵與巔峰對決
為了阻止花岩怪繼續破壞，小智一行人決定利用火箭隊作為誘餌，將花岩怪引誘回御靈之塔。小智與皮卡丘在塔下與花岩怪展開最終對決，面對花岩怪強大的邪惡力量，皮卡丘一度陷入體力不支的絕境。此時天空突現雷雲，一道強力的閃電擊中皮卡丘，使其能量瞬間補滿。皮卡丘爆發出強大的伏特攻擊與十萬伏特，終於成功壓制了花岩怪的力量。
封印重建與新的傳說
趁著花岩怪虛弱之時，小剛等人合力將要石放回原處，隨著結界的重新張開，花岩怪再度被封印回御靈之塔內。老婆婆感嘆小智與皮卡丘的表現就像是新的波導使者傳說。小智表示自己會朝著寶可夢大師的目標繼續努力，解決了這次風波後，一行人告別了老婆婆，繼續朝著隨鎮的方向前進。