前往緣之市的捷徑
小智、小光與小剛正朝著下一個道館與華麗大賽的地點——緣之市前進。在途中，他們遇到了一位名叫米依的少女。米依告訴他們有一條前往緣之市的捷徑，並介紹了她的夥伴寶可夢「凱西」。米依聲稱凱西經過嚴格特訓，可以帶著大家一起使用「瞬間移動」瞬間抵達目的地。眾人拉著凱西移動後，卻發現來到了一座巨大的水壩湖畔。米依尷尬地表示自己搞錯了地點，隨後露出了有些落寞的神情。
湖底的秘密與求助
米依向小智一行人請求幫助，謊稱自己不小心將奶奶留下的遺物墜飾掉進了這座湖中。由於凱西無法在水下進行瞬間移動，她需要水系寶可夢的協助。小智與小光決定幫忙，並在穿上潛水設備後進入湖中搜索。然而，他們在湖底遭到了兇猛的暴鯉龍攻擊。小剛敏銳地察覺米依的帶路非常有目的性，指出她似乎知道墜飾就在湖底的建築物附近，進而識破了她的謊言。
被淹沒的校舍與穿山鼠
米依流著淚說出了實情：這座湖底曾是她的故鄉和學校。當初因為興建水壩，城鎮被淹沒在水底，大家被迫遷移。當時她與兩位好友共同照顧一隻「穿山鼠」，並將牠藏在校舍後方的倉庫裡，卻在匆忙撤離時沒能帶走牠。多年來她一直想救出穿山鼠，但凱西在水中戰鬥力不足，且暴鯉龍一直守在校舍附近。小智等人聽後深受感動，決定全力協助米依救出被遺忘在水底的穿山鼠。
水中的戰鬥與火箭隊的攪局
小剛制定了作戰計畫，由小光的波加曼與泳圈鼬將暴鯉龍引誘到水面，再由皮卡丘使用十萬伏特將其擊退。此時，火箭隊突然現身並擄走了米依與凱西。米依機智地假裝崇拜火箭隊，並謊稱想加入他們的培訓學校，趁著火箭隊放鬆警戒時命令凱西使用瞬間移動帶著她逃回小智身邊。眾人隨即進入湖底倉庫，終於成功找回了裝有穿山鼠的精靈球。
重逢與新的旅程
當穿山鼠從精靈球中出來時，身體狀況依然良好，米依對於重逢感到萬分欣喜。此時火箭隊再度現身襲擊，但在小智的草苗龜與米依的穿山鼠聯手下，配合皮卡丘的強力一擊，成功擊飛了火箭隊。任務完成後，米依履行約定，讓凱西施展瞬間移動，直接將小智一行人送到了緣之市。眾人與米依道別後，懷著期待的心情迎接即將到來的道館賽與華麗大賽。