拯救懸崖上的沙河馬
在前往緣之市的旅行途中，小智一行人正在休息時，草苗龜在樹林深處發現了一隻受困在懸崖邊緣、進退兩難的沙河馬。小智不顧危險，利用繩索垂降到懸崖邊將沙河馬救起。就在此時，「神奧現正報導」的主持人倫多帶著攝影團隊出現，解釋他們正在拍攝關於沙河馬群體為了尋找乾燥土地而集體遷徙的紀錄片，而這隻沙河馬是在遷徙途中不慎脫隊走散的。熱心的小智決定親自護送這隻迷路的沙河馬回到同伴的身邊。
火箭隊的攪局與突發的病情
火箭隊三人組妄想將沙河馬抓走獻給老大當作沙坑球員或造沙工具，多次發動襲擊。在戰鬥中，沙河馬使用了「哈欠」絕招，導致火箭隊與小剛都陷入沉睡，小智只好一邊背著沉重的沙河馬一邊前進。然而，在嘗試橫渡河川時，火箭隊再次出現阻撓，導致極度怕水的沙河馬掉進河裡。雖然小智及時救起沙河馬，但沙河馬卻因為全身濕透而發燒病倒。眾人緊急趕往附近的寶可夢中心，在喬伊小姐的指示下，小智與皮卡丘努力找來乾燥的砂子幫助沙河馬恢復健康。
順利重回同伴懷抱
沙河馬痊癒後，火箭隊仍不死心地變裝成賣砂商人，企圖以特製礦石砂誘騙沙河馬，但很快就被識破。小智指揮草苗龜與皮卡丘再次擊退火箭隊。最後，一行人根據足跡在沙地中找到了沙河馬的族群，迷路的沙河馬終於開心地與同伴重聚。離別時，沙河馬對辛苦了一整天的小智使出「哈欠」當作特別的報答，讓小智在溫馨的氣氛中進入夢鄉，結束了這段充滿挑戰的護送任務。