與落雷獸的偶遇
小智、小光與小剛在前往緣之市的旅途中，於湖畔休息時意外遭到一道失控的強烈電擊。隨後，他們遇到了一位名叫祐輔的少年與他的夥伴落雷獸。祐輔向眾人道歉，並解釋自己正在進行電力控制的特訓，但始終無法順利掌握。訓練中心的所長隨後現身，向眾人介紹這座專門培育電屬性寶可夢的設施，目標是讓寶可夢學會完美控制電力，以便畢業後前往發電廠協助工作。
小剛的培育心得與特訓
祐輔坦言自己原本擅長培育飛行屬性寶可夢，對於被分配到電屬性中心感到挫折，甚至稱呼自己的落雷獸為「吊車尾」。同為寶可夢培育家的小剛在觀察後發現，這隻落雷獸並非資質平庸，反而是因為體內蘊含的電力遠超一般同類，才導致難以控制。小剛決定協助祐輔，指導他如何透過刷毛與寶可夢建立信任，並讓皮卡丘與帕奇利茲示範釋放電力的最佳時機。在小剛的鼓勵與專業建議下，祐輔終於開始正視落雷獸的潛力，兩人之間的默契也逐漸增加。
火箭隊的感動與攪局
一直在暗中觀察的火箭隊，看到皮卡丘與落雷獸為了特訓不眠不休的模樣，小次郎與喵喵被這份真摯的友情深深感動，甚至流淚決定要幫助他們完成訓練。然而，武藏卻對感人場面不屑一顧，獨自研發了具備絕緣功能的「武藏手作1號」機械裝置企圖捕捉落雷獸。在激烈的對峙中，落雷獸為了突破困境並守護同伴，在耀眼的光芒中進化成了雷電獸。
進化的雷電獸與榮譽畢業
進化後的雷電獸力量大幅提升，雖然武藏的機械設有絕緣防護，但在被感化的小次郎與喵喵的暗中指引下，祐輔指揮雷電獸進行精準的電力控制。雷電獸最終成功掌握了「打雷」絕招，完美擊中機械的弱點，將火箭隊擊飛。所長目睹了整個過程，當場宣布雷電獸達到畢業標準。祐輔雖然不捨，但明白作為一名培育家，最自豪的事莫過於看到寶可夢找到能發揮所長的地方。最終，雷電獸榮譽畢業前往發電廠，而小智一行人也帶著新的體悟，繼續向著下一個目的地前進。