啟航！觀光蒸汽船之旅
小智、小光與小剛在前往緣之市的途中，來到了一條寬闊的大河邊。為了享受悠閒的旅程，他們被岸邊巨大的觀光蒸汽船所吸引。由於離下午的啟航時間還有一段空檔，小剛提議前往附近的城鎮採購製作寶可夢食物的材料。看著寶可夢們在船上玩得不亦樂乎，蒸汽船的老爺爺親切地建議讓寶可夢們留在船上盡情玩耍，由小智一行人單獨前往購物即可。
皮卡丘與波加曼的看家任務
小智將管理大家的重任交給了皮卡丘，小光也拜託波加曼幫忙看家，兩位寶可夢儼然成了大家的小領袖。在船上，草苗龜、長尾怪手、姆克鳥、泳圈鼬、捲捲耳、帕奇利茲、胡說樹、毒骷蛙以及小福蛋等寶可夢們展開了一場歡樂的派對。雖然皮卡丘與波加曼努力維持秩序，但面對好奇心旺盛的帕奇利茲與愛模仿的小福蛋，兩位隊長顯得有些手忙腳亂，現場充滿了歡笑與混亂。
火箭隊的詭計與反擊
一直躲在暗處觀察的火箭隊見小智等人不在，認為這是奪取所有寶可夢的大好機會。武藏、小次郎與喵喵偽裝成帶領體操的大哥哥大姊姊，利用自創的「不管怎麼說體操」吸引寶可夢們的注意，並誘騙牠們走入特製的「隧道陷阱」。就在火箭隊以為計畫成功時，帕奇利茲的玩耍意外弄丟了陷阱的鑰匙。隨後，皮卡丘帶領大家發動反擊，眾多寶可夢齊心協力使出招式，成功將火箭隊打飛。然而，剛才的騷動意外導致蒸汽船脫離纜繩，自行駛向河中心。
瀑布前的生死關頭
回到碼頭的小智等人發現船隻失蹤，老爺爺驚覺自己睡過頭而導致意外出航，更危險的是河流下游有一座巨大的瀑布。為了營救同伴，小智與小光借用老爺爺引以為傲的巨大曼泰因展開海上追擊。在船上，皮卡丘與波加曼展現出卓越的領導力，指揮大家嘗試各種方法自救：波加曼使用「漩渦」、捲捲耳使用「急凍光線」、皮卡丘則用「十萬伏特」配合大家嘗試改變船隻方向。最終，在小智與小光及時跳上船與寶可夢們共同努力下，終於在瀑布边缘前停住了船隻，化解了墜落危機。
團結一心的友情
經歷了這場驚險的意外，寶可夢們之間的羈絆變得更加深厚。老爺爺大讚皮卡丘與波加曼擁有如優秀領隊般的膽識。夕陽下，一行人告別了老爺爺與曼泰因，帶著更加團結的精神，繼續向著緣之市的寶可夢コンテスト與道館挑戰賽邁進。