雙打對戰的挑戰與不合
正在前往百代市的小智、小光與小剛，在旅行途中來到了一個聚集許多實力派訓練家的露營地。在那裡，他們遇到了正為熱門電視節目「神奧今日」進行採訪的主持人尤嘉。眾人得知當地有一對被稱為「最強雙子」的訓練家兄弟——伊崎與伊勇，他們正創下雙打對戰十六連勝的驚人紀錄。小智與小光決定組成搭檔向他們挑戰，然而，儘管兩人平時相處融洽，但在激烈的對戰中卻完全沒有默契。小智的草苗龜與小光的波加曼在戰場上互相衝撞，甚至誤傷隊友，最終被對方的火岩鼠與藍鱷擊敗，讓雙子兄弟順利達成了十七連勝。
爭吵後的反省與和解
對戰結束後，小智與小光因為互相指責對方的指揮失當而大吵一架，這股情緒甚至波及到了草苗龜與波加曼，現場氣氛十分僵硬。皮卡丘看不下去，使出十萬伏特強行中止了兩隻寶可夢的爭執。在小剛的緩解以及皮卡丘的提醒下，小智與小光終於冷靜下來，意識到自己在對戰中太過急躁，並誠心地互相道歉。他們決定重整旗鼓，藉由練習來磨合雙打對戰的默契，並希望再次向雙子兄弟發起挑戰。
火箭隊的干擾與聯手救援
正當兩組訓練家準備重賽時，火箭隊突然現身並趁機奪走了伊崎與伊勇的火岩鼠與藍鱷。為了奪回被搶走的寶可夢，小智與小光決定再次聯手出擊。在對抗火箭隊的飯匙蛇與尖牙籠時，兩人展現了初步的合作默契，草苗龜與波加曼成功交替掩護，發動精準的攻擊將火箭隊徹底擊飛，成功救回了火岩鼠與藍鱷。這次成功的救援行動讓伊崎與伊勇對兩人的實力改觀，並欣然接受兩人的重賽要求。
完美的默契與最後的勝利
在尤嘉的攝影機見證下，重賽正式拉開序幕。面對雙子兄弟強大的攻勢，小智與小光展現了脫胎換骨般的默契：波加曼主動使出「忍耐」來為正在進行「光合作用」回復體力的草苗龜擋下攻擊；隨後草苗龜則配合波加曼的「潮旋」發動聯合攻勢。兩人靈活運用屬性優勢與戰術配合，最終擊敗了火岩鼠與藍鱷，打破了雙子兄弟的連勝紀錄。這場熱血的對戰不僅被錄製為電視節目，也讓小智與小光對寶可夢對戰有了更深的理解，一行人帶著更堅固的牽絆，繼續朝著下一個道館所在地百代市邁進。