火箭隊的失誤與憤怒的大鋼蛇
故事開端，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵為了捕捉皮卡丘，在山區沒日沒夜地挖掘陷阱。然而，他們在挖掘過程中意外挖掘到了地底的大鋼蛇，並將三把圓鍬深深地插進了大鋼蛇的頭部。劇烈的疼痛與圓鍬產生的異物感讓這隻「鐵蛇寶可夢」陷入前所未有的狂暴狀態，開始在大地之上瘋狂追擊罪魁禍首火箭隊。
與迷路大牙狸的相遇
與此同時，正朝著苑之鎮前進的小智、小光與小剛，在林間發現了一隻受傷且神情驚恐的大牙狸。在小剛溫柔的包紮與治療下，大牙狸感受到了人類的善意，逐漸平復心情。眾人從地圖發現附近有適合大牙狸居住的瀑布，於是決定護送這隻迷路的大牙狸回到家鄉。當他們抵達大牙狸村莊時，發現這裡是由大牙狸們辛苦建立的寧靜家園。
大牙狸村莊的保衛戰
平靜很快被打破，火箭隊狼狽地出現在村莊，後方緊跟著憤怒的大鋼蛇。大鋼蛇甚至使出「破壞光線」大肆破壞，讓原本膽小的大牙狸們紛紛躲藏。小智敏銳地察覺到大鋼蛇頭上的圓鍬才是導致其發瘋的原因，若不拔掉圓鍬，大鋼蛇將會徹底毀滅村莊。為了營救大家，小光提議讓大鋼蛇最痛恨的喵喵擔任誘餌，將其引誘至狹窄的溝壑中，以便讓其他人從上方拔除圓鍬。
勇氣的力量與化解危機
作戰開始後，小智派出姆克鳥使用「燕返」精準拔掉了第一把圓鍬，皮卡丘接著以「鐵尾」擊飛了第二把。然而，最後一把圓鍬插得最深，大鋼蛇在劇痛中持續掙扎，甚至險些摔落其最恐懼的水中瀑布。在最危急的時刻，受傷的大牙狸與村莊的同伴們受感召鼓起了勇氣，牠們集結全族的力量一擁而上，終於合力拔出了最後一把圓鍬。恢復冷靜的大鋼蛇停止了攻擊，安靜地離開了村莊。大牙狸村莊重歸和平，小智一行人告別了展現勇氣的大牙狸們，繼續向著下一個目標邁進。