戰鬥前的波瀾與瓢太的決定
在神奧地區的黑金道館，小智目睹了勁敵真司憑藉著冷靜的判斷力與寶可夢屬性優勢，擊敗了道館館主瓢太並獲得石炭徽章。雖然小智希望真司能留下觀看自己的挑戰賽，但真司表現得非常冷淡，甚至忘了小光的長相。瓢太館主考慮到頭蓋龍等寶可夢在與真司的激戰中消耗了不少體力，決定將小智的道館挑戰賽推遲到隔天。當晚，小智在寶可夢中心積極挑選參賽名單，決定派出長尾怪手、皮卡丘與草苗龜。然而，他在中心目睹真司將輸掉比賽的瑪力露送給路過的小孩，並冷酷地表示無法達到要求的等級就沒必要培育，這讓小智感到十分憤怒，發誓要用自己的方式擊敗瓢太證明實力。
火箭隊的博物館潛入計畫
與此同時，火箭隊三人組偽裝成古代寶可夢研究員潛入了黑金炭坑博物館。在研究員賢三的引領下，他們見識到了館內引以為傲的「化石復活機器」。得知這台機器能在短短24小時內讓古代寶可夢重生後，武藏、小次郎與喵喵產生了野心，企圖將龐大的機器連同館內收藏的化石一併偷走，夢想著藉此建立一支強大的古代寶可夢軍團，進而征服整個神奧地區。
黑金道館賽開打：頭蓋龍的壓制力
正式比賽當天，瓢太館主打破常規，首先派出了王牌頭蓋龍。小智則先派出長尾怪手應戰，試圖利用其身輕如燕的動作進行騷擾並銜接「真氣拳」，但頭蓋龍卻展現出超越常識的跳躍力與空中戰鬥能力，以威力強大的「意念頭鎚」擊敗了長尾怪手。隨後小智換上皮卡丘，成功利用「電光一閃」的高速結合「鐵尾」對頭蓋龍造成傷害。然而，瓢太緊接著下令使出絕招「諸刃頭鎚」，皮卡丘則以「伏特攻擊」正面迎擊。在兩大招式激烈碰撞後，雙方都承受了巨大的反作用力與傷害，小智見皮卡丘體力透支，決定先將其換下，改派草苗龜上陣。儘管草苗龜被頭蓋龍的「噴射火焰」正面擊中，最終仍成功以「飛葉快刀」擊倒了強敵頭蓋龍。
慘痛的挫敗與未來的挑戰
雖然好不容易擊敗了頭蓋龍，但小智的寶可夢們已精疲力竭。瓢太隨後派出了第二隻寶可夢大岩蛇，草苗龜因先前受傷過重，被大岩蛇的「捨身衝撞」一擊擊敗。小智只能再次派出唯一的皮卡丘。面對巨大且迅速的大岩蛇，小智靈機一動讓皮卡丘對場地使出「十萬伏特」，將地面碎裂成無數岩屑來阻礙大岩蛇的行動，並成功發動奇襲。然而，瓢太冷靜地下令大岩蛇使用「刺耳聲」，劇烈的噪音讓體力達到極限的皮卡丘陷入混亂並痛苦倒地，最終失去戰鬥能力。小智在神奧地區的第一場道館賽以失敗告終，觀戰的真司留下冷酷的評價後便離去。雖然初戰失利，但小智與皮卡丘依然鬥志不滅，為下一次的再挑戰做準備。